긴꼬리투구새우 (Triops longicaudatus)

▣ 국    명: 긴꼬리투구새우

▣ 영    명: longtail tadpole shrimp

▣ 학    명: Triops longicaudatus

▣ 지정번호: 멸종위기해제종

▣ 계    통: 갑각강-배각목-긴꼬리투구새우과

◎ 생김새 : 꼬리부분을 포함한 전체 길이는 3~5cm정도이며 꼬리를 제외한 몸길이는 2~3cm이다. 등쪽에 몸의 2/3를 덮은 납작한 투구 모양의 갑각을 갖고 있으며 황색을 띤 갈색 또는 갈색을 띈다. 갑각의 앞쪽 중앙에 1쌍의 눈이 있다. 37개 정도의 마디로 나누어져 있으며 가슴에 11쌍, 배에 18~19쌍의 다리가 있고 꼬리 마디 끝에 1쌍의 긴 부속지를 갖는다.

◎ 서식지 : 얕은 민물의 웅덩이나 논에서 서식한다.

◎ 먹이 : 잡식성으로 조류, 유기물, 원생동물 또는 모기 유충이나 자기보다 작은 곤충 등도 먹을 뿐 아니라 포식성이 강해 동족끼리도 잡아먹기도 한다.

◎ 번식 : 주로 단위 생식을 하며 드물게 유성생식을 하기도 한다. 대부분의 개체군내 성비가 편향되어 있다. 다리가 변형된 알주머니에 검붉은 색의 알을 품고 있다가 모래나 흙을 파서 알을 낳는다. 단단한 껍질에 쌓인 알 상태로 가뭄이나 겨울을 나고 환경이 좋아지면 부화하는 특징을 보인다. 유기물이 부족한 물, 햇빛, 22~30℃의 온도 조건에서 부화한다.

◎ 분포 : 아메리카 대륙 및 서인도 제도, 아시아에 걸쳐 널리 분포하고 있으며 한국의 경우 전국의 벼농사지역에서 널리 발견되고 있다.


1) 채집정보

- 채집허가: (멸종위기해제종)

- 채 집 자: 경북대학교 황의욱


2) 채집현황 및 샘플처리

긴꼬리투구새우 채집현황

샘플처리

채집일

개체 수

DNAseq

RNAseq

표본

2014.06.10

42 EA

30 EA

10 EA

2


3) QC Data

샘플종

DNA QC

RNA QC

Result

Concentration (ug/ul)

Total Conc. (ug)

Concentration (ug/ul)

RIN (>7)

긴꼬리투구새우

81.2

6.5

757.1

9.7

pass

4) 기존 NCBI Taxonomy 유전정보 현황

유전정보 종류

Triops 속 유전자원

Triops longicaudatus 유전자원 

Nucleotide

5,834

405

Protein

1,302

427

Genome

4

1

Gene

100

13


5) Sequencing 분석 결과

- Illumina DNA Sequncing 결과

Input information

　

　

　

Region1

Region2

Total

raw data

Number Of Reads

 

 

142,992,046 

142,992,046 

285,984,092 

Number Of Bases

 

 

18,016,997,796 

18,016,997,796 

36,033,995,592 

error correction

Number Of Reads

 

 

133,578,956 

131,662,333 

265,241,289 

Number Of Bases

 

 

16,566,233,178 

16,215,232,816 

32,781,465,994 

pair reads

Number Of Reads

 

 

 

 

260,946,666 

Number Of Bases

 

 

 

 

32,325,997,283 

single reads

Number Of Reads

 

 

 

 

4,294,623 

Number Of Bases

 

 

 

 

455,468,711 

Assembly Results

Scaffold Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Scaffolds

      212,039

  212,039

 52,752

      28,482

      14,317

Number Of Bases

175,883,178 

   175,883,178

144,634,329 

127,671,924 

107,976,378 

Avg. Scaffold Size

       829

     829

      2,741  

      4,482  

     7,541  

N50 Scaffold Size

       4,075

        4,075

       6,997  

        9,227  

     12,212

N80 Scaffold Size

       594

     594

         1,528  

        2,451  

      4,278  

N90 Scaffold Size

           251

       251

        906

     1,571  

       2,933  

largest Scaffold Size

 197,609

      197,609

    197,609

    197,609

 197,609

Contig Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Contigs

   1,820,833

414,399 

      49,067

      23,449

   13,344

Number Of Bases

 247,327,299

178,504,593 

112,067,821 

   94,666,770

    80,711,822

Avg. Contig Size

         135

      430

    2,283  

    4,037  

         6,048  

N50 Contig Size

    342

       1,299

   5,117  

     6,400  

       7,666  

N80 Contig Size

    63

          203

       1,276  

      2,541  

      3,921  

N90 Contig Size

    42

      137

  760

      1,594  

  2,916  

Largest Contig Size

       80,995  

        80,995

         80,995

    80,995

    80,995

 

- Illumina RNA Sequncing 결과

Input information

　

　

　

Region1

Region2

Total

raw data

Number Of Reads

 

 

161,659,804 

161,659,804 

323,319,608 

Number Of Bases

 

 

20,369,135,304 

20,369,135,304 

40,738,270,608 

error correction

Number Of Reads

 

 

159,867,931 

159,142,254 

319,010,185 

Number Of Bases

 

 

19,943,723,063 

19,834,516,297 

39,778,239,360 

pair reads

Number Of Reads

 

 

 

 

 317,586,644

Number Of Bases

 

 

 

 

39,619,172,037 

single reads

Number Of Reads

 

 

 

 

  1,423,541

Number Of Bases

 

 

 

 

159,067,323 

Assembly Results

Scaffold Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Scaffolds

    128,900

   128,900

        22,757

        8,984  

    2,747  

Number Of Bases

   48,943,255

    48,943,255

   27,253,404

17,765,153 

 9,245,545

Avg. Scaffold Size

         379

      379

     1,197  

    1,977  

   3,365  

N50 Scaffold Size

          607

        607

       1,370  

  2,070  

  3,298  

N80 Scaffold Size

    213

        213

         738

       1,311  

     2,413  

N90 Scaffold Size

          146

        146

        605

   1,143  

    2,193  

largest Scaffold Size

      21,871  

       21,871

     21,871

   21,871

    21,871

Contig Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Contigs

   1,551,396

  167,786

    20,645

      6,481  

      1,547  

Number Of Bases

    113,674,340

     49,638,294

21,044,559 

    11,374,123

 4,735,833

Avg. Contig Size

     73

     295

      1,019  

1,754  

        3,061  

N50 Contig Size

      63

       394

 1,074  

 1,762  

    2,936  

N80 Contig Size

     39

  167

      662

    1,222  

   2,269  

N90 Contig Size

 32

    128

       574

    1,105  

    2,124  

Largest Contig Size

   15,032  

    15,032

   15,032

  15,032

      15,032

 

(1) 고품질 genomic DNA 채취 및 표본확보

 

검수용  샘플 DNA 농도 및 총 양, 확증표본 현황표

　Sample명

농도(ng/ul)

Volume(ul)

DNA 총량(ug)

O.D A260/280

확증표본

채집허가일

채집일

긴꼬리투구새우

285

996

283

1.84

○

고유종

2014.6.10


(2) 유전체 서열확보 : 현재 20종 확보

Sample

구분

raw data size

trim data size

비고

긴꼬리투구새우

DNA

36,033,995,592 

32,781,465,994 

　

RNA

40,738,270,608 

39,778,239,360 

　


(3) 기타분석

A. Genome Size estimation

샘 플 명

Kmer size

Kmer total

Pk depth

Genome_size

Coverage(X)

긴꼬리투구새우

23

22,306,759,176

79

282,364,040 

101.282

B. 반복서열


- 시퀀싱이 완료된 긴꼬리투구새우 DNA 및 RNA의 contigs 중 1kb 이상의 contigs의 반복서열을 탐색(Left; Repeat masking results of DNA contigs, Right; Repeat masking results of RNA contigs).

sequences: 23,449

 

sequences: 6,481

total length: 94,666,770 bp (94,666,770 bp excl N/X-runs)

 

total length: 11,374,123 bp (11,374,123 bp excl N/X-runs)

GC level: 41.93%

 

GC level: 46.82%

bases masked: 23,664 bp (0.02%)

 

bases masked: 1,929 bp (0.02%)

 

number of

elements

length

occupied

percentage

of sequence

 

 

number of

elements

length

occupied

percentage

of sequence

SINEs:          

13

509 bp

0.00%

 

SINEs:          

1

47 bp

0.00%

 

ALUs      

0

0 bp

0.00%

 

 

ALUs      

0

0 bp

0.00%

 

MIRs      

2

105 bp

0.00%

 

 

MIRs      

0

0 bp

0.00%

LINEs:          

56

3,128 bp

0.00%

 

LINEs:          

11

760 bp

0.01%

 

LINE1     

13

707 bp

0.00%

 

 

LINE1     

0

0 bp

0.00%

 

LINE2     

9

434 bp

0.00%

 

 

LINE2     

2

88 bp

0.00%

 

L3/CR1    

22

1,106 bp

0.00%

 

 

L3/CR1    

5

320 bp

0.00%

LTR elements:   

14

1,134 bp

0.00%

 

LTR elements:   

3

156 bp

0.00%

 

ERVL      

3

143 bp

0.00%

 

 

ERVL      

2

97 bp

0.00%

 

ERVL-MaLRs

0

0 bp

0.00%

 

 

ERVL-MaLRs

0

0 bp

0.00%

 

ERV_classI 

6

309 bp

0.00%

 

 

ERV_classI 

0

0 bp

0.00%

 

ERV_classII

0

0 bp

0.00%

 

 

ERV_classII

0

0 bp

0.00%

DNA elements:   

72

7,059 bp

0.01%

 

DNA elements:   

8

775 bp

0.01%

 

hAT-Charlie 

28

3,736 bp

0.00%

 

 

hAT-Charlie 

1

150 bp

0.00%

 

TcMar-Tigger

17

1,606 bp

0.00%

 

 

TcMar-Tigger

3

371 bp

0.00%

Unclassified:   

2

133 bp

0.00%

 

Unclassified:   

1

72 bp

0.00%

Total interspersed repeats:

 

11,963 bp

0.01%

 

Total interspersed repeats:

 

1,810 bp

0.02%

Small RNA:

184

11,735 bp

0.01%

 

Small RNA:

3

166 bp

0.00%

Satellites:

1

47 bp

0.00%

 

Satellites:

0

0 bp

0.00%

Simple repeats:

0

0 bp

0.00%

 

Simple repeats:

0

0 bp

0.00%

Low complexity:

0

0 bp

0.00%

 

Low complexity:

0

0 bp

0.00%



D. Mito-genome Map


그림입니다. 원본 그림의 이름: 슬라이드5.JPG 원본 그림의 크기: 가로 960pixel, 세로 720pixel

(4) Microsatellite 후보군

A. SSR statistics

Motif(-mer)

2

3

4

5

6

7

8

9

10

Total

긴꼬리투구새우

3,461

1,585

117

7

21

1

-

-

-

5,192




B. 바코드서열

>긴꼬리투구새우(Triops_longicaudatus)

GAGCTGGGATAGTAGGAACAGCTCTGAGTCTTTTTATTCGAGCAGAAGTAGGCCAACCAA

GAAGACTGATCGGAGATGACCAAATTTACAACGTAATTGTAACAGCCCATGCATTTATTA

TAAGATTTTTTATGGTTATACCTATTTTAATTGGGGGTTTGGTAATTGGCTAGTACCATT

AATATTAGGGGCCCCTGACATGGCCTTCCCTCGTTTATATAATATAAGATTCTGATTATT

ACCTCCAGCCCTTACTTTATTATTATCAGGAGGTGCTGTAGAAGGAGGAGCTGGGACAGG

TTGAACAGTTTATCCTCCTCTATCAGGAGGAACTGCTCATGCGGGAACATTAGTAAACTG

AGGTATATTTTCATTACATTTAGCTGGGTTTCACCAATTTTAGGTGCTATTTATTTTATC

ACAGCAATCATTATTTACGAACCAGAGACATGTCTTTAGATCGAATCCCATTATTCGTTC

GAGCCGTAGGGATCACCACTTTACTTCTCGTCTCATTTCCTGTTCTAGCAGGGGGCAATC

ACAATATTATTAACGGACCGAAAGTTAAATACATCATTCTTCGACCCAGCTGGAGGAGGG

GATCCAATTCTTTATCAACATCTTTTCTGATTTTTTGG



그림입니다. 원본 그림의 이름: KakaoTalk_20150603_221442185.png 원본 그림의 크기: 가로 560pixel, 세로 523pixel