쌍꼬리부전나비 (Spindasis takanonis)


그림입니다. 원본 그림의 이름: 20191126_005327.png 원본 그림의 크기: 가로 556pixel, 세로 476pixel

▣ 국    명: 쌍꼬리부전나비

▣ 학    명: Spindasis takanonis

▣ 지정번호: 멸종위기동물II급

▣ 계    통: 곤충강-나비목-부전나비과

◎ 생김새 : 암수 모두 전체 몸길이는 28~40mm이고 날개 길이는 13~18mm 내외이다. 날개 앞면은 흑갈색이고 수컷의 경우 자줏빛이 도는 보라색의 광택을 보인다. 수컷은 암컷보다 약간 작고, 앞날개 바깥 측면의 곡면이 암컷보다 직선형으로 나타난다. 날개 앞면은 암갈색으로 수컷은 자줏빛 광택을 띠고 있다. 뒷날개의 후각은 주황색으로 검은 점이 속에 있고, 1쌍의 미상돌기를 갖는다. 날개를 폈을 때 뒷면은 담황색에 검정 줄무늬나 점무늬가 선명한 줄이 형성하고 있다.

◎ 서식지 : 개밋과의 한 종인 마쓰무라꼬리치레개미가 주고 살고 있는 벚나무나 소나무 등 고목, 그 일부분이 고사되어 이들이 정착한 곳에 주로 서식처를 만든다.

◎ 먹이 : 개망초 등의 꽃에서 꿀을 빨아먹으며, 애벌레 시절에는 숙주와의 먹이교환 행동을 통하거나, 나무속에 들어가 개미집을 찾아 개미 집안의 저장 먹이를 이용한다. 숙주 개미집 속에서 애벌레는 직접 먹이를 훔쳐 먹거나 구걸 행동 후 개미와 서로 입을 맞대고 구토 물질을 받아먹기도 한다.

◎ 번식 : 알 낳는 시기는 6월 중순부터 7월 초까지이며, 오후 5~6시 무렵에 알을 낳는다. 암컷은 숙주 개미인 마쓰무리밀드리개미의 집이 있는 소나무와 신갈나무?노간주나무나 바위틈에 알을 낳는데, 나무가 죽어 있거나 살아 있거나 상관하지 않는다. 한 번에 1~3개씩 같은 장소에 알을 낳기도 한다. 알을 낳은 지 3일 뒤 애벌레가 깨어나며 개미집과 떨어져 있는 경우 그곳을 지나는 숙주 일개미에 의해 옮겨지고 집 입구의 경우 애벌레가 직접 그 안으로 들어간다.

◎ 분포 : 한국?일본?중국 서부에 분포하며 한반도에서는 국지적 분포를 보인다.


1) 채집정보

- 채집허가: 2014.07.17 / 5마리

- 채 집 자: 빛고을생태연구소 정헌천

2) 채집현황 및 샘플처리

쌍꼬리부전나비 채집현황

샘플처리

채집일

개체 수

DNAseq

RNAseq

표본

2014.07.30

5 EA

3 EA

2 EA

-


3) QC Data

샘플종

DNA QC

RNA QC

Result

Concentration (ug/ul)

Total Conc. (ug)

Concentration (ug/ul)

RIN (>7)

쌍꼬리부전나비

64

12.8

306

8.9

pass

4) 기존 NCBI Taxonomy 유전정보 현황

유전정보 종류

Spindasis 속 유전자원

Spindasis takanonis

유전자원 

Nucleotide

21

9

Protein

41

33

Genome

1

1

Gene

13

13


5) Sequencing 분석 결과

- Illumina DNA Sequncing 결과

Input information

　

　

　

Region1

Region2

Total

raw data

Number Of Reads

 

 

134,720,924

134,720,924

269,441,848

Number Of Bases

 

 

16,974,836,424

16,974,836,424

33,949,672,848

error correction

Number Of Reads

 

 

133,867,320

133,007,479

266,874,799

Number Of Bases

 

 

16,681,597,553

16,491,539,010

33,173,136,563

pair reads

Number Of Reads

 

 

 

 

265,227,508

Number Of Bases

 

 

 

 

32,979,377,831

single reads

Number Of Reads

 

 

 

 

1,647,291

Number Of Bases

 

 

 

 

193,758,732

Assembly Results

Scaffold Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Scaffolds

285,846

285,846

177,218

132,257

81,403

Number Of Bases

501,954,621

501,954,621

478,363,926

445,636,909

372,137,312

Avg. Scaffold Size

1,756

1,756

2,699

3,369

4,571

N50 Scaffold Size

3,820

3,820

4,033

4,347

5,115

N80 Scaffold Size

1,600

1,600

1,853

2,213

3,058

N90 Scaffold Size

911

911

1,211

1,607

2,514

largest Scaffold Size

130,357

130,357

130,357

130,357

130,357

Contig Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Contigs

8,871,600

959,759

317,010

131,954

32,715

Number Of Bases

833,507,629

502,450,437

361,672,343

231,092,953

95,481,504

Avg. Contig Size

93

523

1,140

1,751

2,918

N50 Contig Size

318

907

1,270

1,776

2,830

N80 Contig Size

38

367

753

1,246

2,262

N90 Contig Size

33

204

621

1,115

2,123

Largest Contig Size

45,422

45,422

45,422

45,422

45,422

 

- Illumina RNA Sequncing 결과

Input information

　

　

　

Region1

Region2

Total

raw data

Number Of Reads

 

 

124,656,396

124,656,396

249,312,792

Number Of Bases

 

 

15,706,705,896

15,706,705,896

31,413,411,792

error correction

Number Of Reads

 

 

123,652,370

122,810,483

246,462,853

Number Of Bases

 

 

15,376,471,577

15,259,523,350

30,635,994,927

pair reads

Number Of Reads

 

 

 

 

244,865,978

Number Of Bases

 

 

 

 

30,453,770,932

single reads

Number Of Reads

 

 

 

 

1,596,875

Number Of Bases

 

 

 

 

182,223,995

Assembly Results

Scaffold Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Scaffolds

94,820

94,820

23,344

10,607

3,737

Number Of Bases

45,575,743

45,575,743

30,312,925

21,439,648

11,881,542

Avg. Scaffold Size

480

480

1,298

2,021

3,179

N50 Scaffold Size

903

903

1,588

2,179

3,205

N80 Scaffold Size

288

288

808

1,373

2,384

N90 Scaffold Size

176

176

637

1,169

2,182

largest Scaffold Size

22,120

22,120

22,120

22,120

22,120

Contig Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Contigs

1,533,314

137,430

22,873

7,765

1,501

Number Of Bases

110,785,207

46,236,487

22,935,288

12,535,086

4,059,412

Avg. Contig Size

72

336

1,002

1,614

2,704

N50 Contig Size

63

493

1,078

1,613

2,607

N80 Contig Size

38

193

671

1,197

2,195

N90 Contig Size

32

139

580

1,092

2,091

Largest Contig Size

21,743

21,743

21,743

21,743

21,743

 

(1) 고품질 genomic DNA 채취 및 표본확보


 

검수용  샘플 DNA 농도 및 총 양, 확증표본 현황표

　Sample명

농도(ng/ul)

Volume(ul)

DNA 총량(ug)

O.D A260/280

확증표본

채집허가일

채집일

쌍고리부전나비

31

996

30

2.01

○

2014.7.17

2014.7.30


(2) 유전체 서열확보 : 현재 20종 확보

Sample

구분

raw data size

trim data size

비고

쌍고리부전나비

DNA

33,949,672,848 

33,173,136,563 

　

RNA

31,413,411,792 

30,635,994,927 

　


(3) 기타분석

A. Genome Size estimation

샘 플 명

Kmer size

Kmer total

Pk depth

Genome_size

Coverage(X)

쌍꼬리부전나비

23

21,016,464,144

29

724,705,660 

37.1795



B. 반복서열


-  시퀀싱이 완료된 쌍꼬리부전나비 DNA 및 RNA의 contigs 중 1kb 이상의 contigs의 반복서열을 탐색(Left; Repeat masking results of DNA contigs, Right; Repeat masking results of RNA contigs).

sequences:  131,954

 

sequences:  7,765

total length: 231,092,953 bp  (231,092,953 bp excl N/X-runs)

 

totallength:12,535,086bp  (12,535,086 bp excl N/X-runs)

GC level: 33.94 %

 

GC level: 39.24 %

bases masked: 47,786 bp (  0.02 %)

 

bases masked: 4,123 bp ( 0.03  %)

 

numberof

elements

length

occupied

percentage

of sequence

 

 

numberof

elements

length

occupied

percentage

of sequence

SINEs:          

68

4152 bp

0.00%

 

SINEs:          

68

4152 bp

0.00%

 

ALUs      

0

0 bp

0.00%

 

 

ALUs      

0

0 bp

0.00%

 

MIRs      

58

3641 bp

0.00%

 

 

MIRs      

58

3641 bp

0.00%

LINEs:          

105

6517 bp

0.00%

 

LINEs:          

105

6517 bp

0.00%

 

LINE1     

16

839 bp

0.00%

 

 

LINE1     

16

839 bp

0.00%

 

LINE2     

15

830 bp

0.00%

 

 

LINE2     

15

830 bp

0.00%

 

L3/CR1    

50

3347 bp

0.00%

 

 

L3/CR1    

50

3347 bp

0.00%

LTRelements:   

26

1667 bp

0.00%

 

LTRelements:   

26

1667 bp

0.00%

 

ERVL      

2

178 bp

0.00%

 

 

ERVL      

2

178 bp

0.00%

 

ERVL-MaLRs

4

253 bp

0.00%

 

 

ERVL-MaLRs

4

253 bp

0.00%

 

ERV_classI 

14

870 bp

0.00%

 

 

ERV_classI 

14

870 bp

0.00%

 

ERV_classII

2

152 bp

0.00%

 

 

ERV_classII

2

152 bp

0.00%

DNAelements:   

206

24819 bp

0.01%

 

DNAelements:   

206

24819 bp

0.01%

 

hAT-Charlie 

59

6672 bp

0.00%

 

 

hAT-Charlie 

59

6672 bp

0.00%

 

TcMar-Tigger

24

2013 bp

0.00%

 

 

TcMar-Tigger

24

2013 bp

0.00%

Unclassified:   

11

742 bp

0.00%

 

Unclassified:   

11

742 bp

0.00%

Total interspersed  repeats:

 

37897 bp

0.02%

 

Total interspersed repeats:

 

37897 bp

0.02%

Small RNA:

183

9959 bp

0.00%

 

Small RNA:

183

9959 bp

0.00%

Satellites:

1

101 bp

0.00%

 

Satellites:

1

101 bp

0.00%

Simple repeats:

0

0 bp

0.00%

 

Simple repeats:

0

0 bp

0.00%

Low complexity:

0

0 bp

0.00%

 

Low complexity:

0

0 bp

0.00%



D. Mito-genome Map


그림입니다. 원본 그림의 이름: 슬라이드2.JPG 원본 그림의 크기: 가로 960pixel, 세로 720pixel

(4) Microsatellite 후보군

A. SSR statistics

Motif(-mer)

2

3

4

5

6

7

8

9

10

Total

쌍꼬리부전나비

17,853

3,747

1,131

157

30

1

-

-

-

22,919



B. 바코드서열

>쌍꼬리부전나비(Spindasis takanonis)

AAAAAAAAGTTTATTTAATTTTTTTATCACCCCAATAAAATAATTAATAAATTTAAAATT

TAAAAATTTATATAAAATTTTAAATTTATTAATTATAAAACTCTATAGGGTCTTCTCGTC

TTTTAAATATATTTTAACTTTTTAATTAAAAAATTAAATTCTAAAATTAATAATGAGACA

GTATATATTTCATCAAATCTTTCATACAAGTCTTCAATTAAAAGACTAATGATTATGCTA

CCTTTGTACAGTCAAAATACTGCAGCCCTTTAATAATTATCAGTGGGCAGATTAGACTTT

AAATTATTATATCAAAAAGACATGTTTTTGTTAAACAGGTGAATATAAATTTTTGCCGAA

TTCCTTTTTATTATTTATTAAAAAATTAATAAATTTCTTTATTTTTATACTAATTTTATC

ATTATAACAATTACTTAAAAATTAAATAATATTTTTTTATAAAAAATTAAATTAAATTAA

ATTTTACTTATTTTAAAATATTTTATAATAAATTTTAATTTTTAAACAATTTAAATTTAA

AAAATTTTAAAATACTTATCTAATTTATTATAAAAATTTAATTTAAAGCTTATCCCTTAA

ATTATTAAATTTAAAAATATAAAAATTAAAAATATAATTTTTATAAATATATAAATTTAA

AATTAAATTTTTTTCTAAAAAAACTAGATAATTTTAAAAACGATTAACATTTCATTTCAA

ATTAATTATTTAAAATAATTATATCACATTAAATTTATTAATTAATTAACTCTTTTAAAT

TCGAGATTTTTTAAAAATAAAAATTTAATTAATAAACTCTGATACACAAGATACATTAAA

TTAAAACTACTTTTATAAAAATTTATTTTCACATATTTCAAATTTCTTTTACAATACTAA

TTCCCTATAAATATAATAATTTTTTCTATTAAAATAAAATAACCCCCATTATTTATTTTA

TATTAAAATTATTTTTATTATAAATTTATTTTTATTAATTTTTATTTTA


그림입니다.