거제외줄달팽이 (Satsuma myomphala)

그림입니다. 원본 그림의 이름: 20191126_004458.png 원본 그림의 크기: 가로 998pixel, 세로 717pixel

▣ 국    명: 거제외줄달팽이

▣ 학    명: Satsuma myomphala

▣ 지정번호: 관찰종

 ▣ 계    통: 복족강-진유폐목-외줄달팽이과

◎ 생김새 : 패각형태는 나탑이 낮은 원추형으로 나층은 6.5층이다. 패각의 각피는 황갈색이고 체층이 크고 둥글다. 체층 중앙에서 시작해 차체증의 봉합 위로 이어지는 적갈색 색대가 있다 봉합은 얕고 가는 성장맥이 비스듬히 있으며 제공은 좁고 축순 근방에서 닫힌다. 각구는 반원형으로 넓고 축순 부위가 젖혀진다. 성체의 크기는 껍데기 높이 27mm, 지름 37mm정도이다.

◎ 서식지 : 바다가 인접한 습하고 우거진 난대림 숲속에 서식한다.

◎ 연구의 필요성 : 개체군의 크기가 매우 작고, 출현범위도 매우 협소하다. 대형종으로 천적에 의해 포식당하거나 우기에 숲을 벗어난 개체의 경우 압사 또는 남획의 우려가 높으며 서식처의 개발 및 질의 하락이 가장 큰 위협 요인이다.

◎ 분포 : 한국, 일본에 분포하고 있으며 한국의 경우 경상남도 거제시 갈곶리의 좁은 범위 내에서만 발견된다.


1) 채집정보

- 채집허가: (관찰종)

- 채 집 자: 강원대학교 이준상


2) 채집현황 및 샘플처리

거제외줄달팽이 채집현황

샘플처리

채집일

개체 수

DNAseq

RNAseq

표본

2014.08.18

1 EA

1 EA (발)

1 EA (내장)

-


3) QC Data

샘플종

DNA QC

RNA QC

Result

Concentration (ug/ul)

Total Conc. (ug)

Concentration (ug/ul)

RIN (>7)

거제외줄달팽이

109

11.9

275

5.1

pass


4) 기존 NCBI Taxonomy 유전정보 현황

유전정보 종류

Satsuma 속 유전자원

Satsuma myomphala 유전자원

Nucleotide

959

6

Protein

522

2


5) Sequencing 분석 결과

- Illumina DNA Sequncing 결과

Input information

　

　

　

Region1

Region2

Total

raw data

Number Of Reads

 

 

474,497,656 

474,497,656 

948,995,312 

Number Of Bases

 

 

59,786,704,656 

59,786,704,656 

119,573,409,312 

error correction

Number Of Reads

 

 

472,040,161 

463,548,129 

935,588,290 

Number Of Bases

 

 

58,296,217,558 

56,830,286,536 

115,126,504,094 

pair reads

Number Of Reads

 

 

 

 

922,815,600 

Number Of Bases

 

 

 

 

113,602,679,970 

single reads

Number Of Reads

 

 

 

 

12,772,690 

Number Of Bases

 

 

 

 

1,523,824,124 

Assembly Results

Scaffold Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Scaffolds

3,960,072 

3,960,072 

1,092,228 

708,600 

358,871 

Number Of Bases

2,628,937,244 

2,628,937,244 

2,138,912,269 

1,863,107,832 

1,363,667,228 

Avg. Scaffold Size

663 

663 

1,958 

2,629 

3,799 

N50 Scaffold Size

2,110 

2,110 

2,716 

3,110 

3,984 

N80 Scaffold Size

563 

563 

1,287 

1,727 

2,659 

N90 Scaffold Size

183 

183 

885 

1,353 

2,314 

largest Scaffold Size

35,616 

35,616 

35,616 

35,616 

35,616 

Contig Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Contigs

80,307,751 

10,625,614 

1,255,442 

344,403 

44,039 

Number Of Bases

6,740,211,639 

2,891,139,666 

1,137,687,242 

511,274,653 

114,388,576 

Avg. Contig Size

83 

272 

906 

1,484 

2,597 

N50 Contig Size

86 

356 

932 

1,450 

2,502 

N80 Contig Size

48 

154 

637 

1,143 

2,156 

N90 Contig Size

46 

123 

564 

1,067 

2,073 

Largest Contig Size

14,649 

14,649 

14,649 

14,649 

14,649 

 

- Illumina RNA Sequncing 결과

Input information

　

　

　

Region1

Region2

Total

raw data

Number Of Reads

 

 

131,496,702 

130,723,975 

262,220,677 

Number Of Bases

 

 

16,388,085,286 

16,308,351,332 

32,696,436,618 

error correction

Number Of Reads

 

 

129,324,855 

128,180,861 

257,505,716 

Number Of Bases

 

 

15,671,819,041 

15,486,758,524 

31,158,577,565 

pair reads

Number Of Reads

 

 

 

 

260,815,568 

Number Of Bases

 

 

 

 

32,538,377,371 

single reads

Number Of Reads

 

 

 

 

1,405,109 

Number Of Bases

 

 

 

 

158,059,247 

Assembly Results

Scaffold Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Scaffolds

   97,460  

   97,460

    17,194

  5,194  

 710

Number Of Bases

  32,605,181

32,605,181 

16,073,800 

   7,810,353

 1,805,352

Avg. Scaffold Size

   334

 334

 934

  1,503  

  2,542  

N50 Scaffold Size

        488

     488

    978

   1,479  

  2,464  

N80 Scaffold Size

     194

  194

650 

  1,162  

   2,158  

N90 Scaffold Size

   143

        143

    570

   1,076  

 2,076  

largest Scaffold Size

9,386 

  9,386

    9,386  

   9,386  

      9,386  

Contig Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Contigs

2,321,474 

131,541 

    12,426

   2,988  

330 

Number Of Bases

    128,115,613

32,754,540 

10,714,009 

     4,317,505

 813,111

Avg. Contig Size

     55

   249

  862

     1,444  

    2,463  

N50 Contig Size

      59

    302

    874

   1,416  

 2,384  

N80 Contig Size

     34

147 

    614

 1,139  

    2,122  

N90 Contig Size

      32

        118

      552

    1,065  

   2,056  

Largest Contig Size

   7,847

   7,847

7,847  

     7,847  

 7,847  

 

(1) 고품질 genomic DNA 채취 및 표본확보

 

검수용  샘플 DNA 농도 및 총 양, 확증표본 현황표

　Sample명

농도(ng/ul)

Volume(ul)

DNA 총량(ug)

O.D A260/280

확증표본

채집허가일

채집일

거제외줄달팽이

499

996

497

1.76

X

고유종

2014.8.18


(2) 유전체 서열확보 : 현재 20종 확보

Sample

구분

raw data size

trim data size

비고

거제외줄달팽이

DNA

119,573,409,312 

115,126,504,094 

　

RNA

33,320,993,328 

32,696,436,618 

　


(3) 기타분석

A. Genome Size estimation

샘 플 명

Kmer size

Kmer total

Pk depth

Genome_size

Coverage(X)

거제외줄달팽이

23

74,021,634,336

12

6,168,469,528 

15.3846

B. 반복서열

- 시퀀싱이 완료된 거제외줄달팽이 DNA 및 RNA의 contigs 중 1kb 이상의 contigs의 반복서열을 탐색(Left; Repeat masking results of DNA contigs, Right; Repeat masking results of RNA contigs).

sequences: 344,403

 

sequences: 2,988

total length:  511,274,653 bp (511,274,653 bp excl N/X-runs)

 

total length: 4,317,505 bp (4,317,505 bp excl N/X-runs)

GC level: 39.67%

 

GC level: 44.87%

bases masked: 16,345,250 bp (3.20%)

 

bases masked: 1,671 bp (0.04%)

 

number of

elements

length

occupied

percentage

of sequence

 

 

number of

elements

length

occupied

percentage

of sequence

SINEs:          

75

4,989 bp

0.00%

 

SINEs:          

1

56 bp

0.00%

 

ALUs      

0

0 bp

0.00%

 

 

ALUs      

0

0 bp

0.00%

 

MIRs      

30

1640 bp

0.00%

 

 

MIRs      

0

0 bp

0.00%

LINEs:          

1,210

237,274 bp

0.05%

 

LINEs:          

11

955 bp

0.02%

 

LINE1     

123

8,454 bp

0.00%

 

 

LINE1     

2

145 bp

0.00%

 

LINE2     

72

4,308 bp

0.00%

 

 

LINE2     

1

64 bp

0.00%

 

L3/CR1    

173

10,456 bp

0.00%

 

 

L3/CR1    

3

160 bp

0.00%

LTR elements:   

743

130,316 bp

0.03%

 

LTR elements:   

2

110 bp

0.00%

 

ERVL      

14

889 bp

0.00%

 

 

ERVL      

0

0 bp

0.00%

 

ERVL-MaLRs

9

564 bp

0.00%

 

 

ERVL-MaLRs

0

0 bp

0.00%

 

ERV_classI 

497

92,952 bp

0.02%

 

 

ERV_classI 

1

62 bp

0.00%

 

ERV_classII

7

344 bp

0.00%

 

 

ERV_classII

0

0 bp

0.00%

DNA elements:   

3,628

420,405 bp

0.08%

 

DNA elements:   

5

405 bp

0.01%

 

hAT-Charlie 

1,319

175,367 bp

0.03%

 

 

hAT-Charlie 

2

176 bp

0.00%

 

TcMar-Tigger

716

83,254 bp

0.02%

 

 

TcMar-Tigger

0

0 bp

0.00%

Unclassified:   

16

1061 bp

0.00%

 

Unclassified:   

0

0 bp

0.00%

Total interspersed repeats:

 

794,045 bp

0.16%

 

Total interspersed repeats:

 

1,526 bp

0.04%

Small RNA:

1429

166,350 bp

0.03%

 

Small RNA:

1

145 bp

0.00%

Satellites:

20

3,138 bp

0.00%

 

Satellites:

0

0 bp

0.00%

Simple repeats:

196,453

13,240,212 bp

2.59%

 

Simple repeats:

0

0 bp

0.00%

Low complexity:

21,124

2,145,969 bp

0.42%

 

Low complexity:

0

0 bp

0.00%



D. Mito-genome Map


그림입니다. 원본 그림의 이름: 슬라이드9.JPG 원본 그림의 크기: 가로 960pixel, 세로 720pixel

(4) Microsatellite 후보군

A. SSR statistics

Motif(-mer)

2

3

4

5

6

7

8

9

10

Total

거제외줄달팽이

119,557

52,648

15,821

1,121

91

38

32

16

6

189,330


B. 바코드서열

>거제외줄달팽이(Satsuma myomphala)

ACTGTTAACAATGTAAAAATATAGATAATTAGGCTTATCTGAACTCGGCAAATTTTTCTT

CGACTGTTTATCAAAAACATAACCATTTGGTAGTATAAGTGGCTCTTTCTGCTCAATGAG

TAATTAAATAGCCGCAGTACCCTGACTGTGCAAAGGTAGCGTAATCATTTGGCTTTTAAT

TGGGGTCTAGTATGAACGAAAAATTGGGGAATAGCTTTCTCAGCTGAATAATTTGAATTT

TCTTAGTAGATGAAAATATCTACTCTTAATTAATAGACGAGAAGACCCTAGAAATTTTTA

TACAAGTTATTAGTATTTTTGTTGGGGCGACAGAGTAGCAACGAACAAACCTACTTGTTA

TTATTTTTCACCTATTTGGTATACAATTAAATTACTCTAGGGATAACAGCATAATGAAAT

TCGTTTGTGACCTCGATGTTGGACTAGGAAAACTTGGACCCAGAAGGTACATGTTAATGC

TCTGTTCGAGCAGATTCTCCTACATGATC


그림입니다.