한국산개구리 (Rana coreana)

◎ 생김새 : 2~3cm으로 산개구리류 중에서 크기가 가장 작으며 체색은 갈색이고 배는 하얀 편이다. 눈 밑에 하얀 입술선이 있고 검은 무늬가 눈 뒤에서 주둥이 끝까지 있다. 계곡산개구리와 그 모양이 비슷하나 등 쪽에 작은 반점들이 이어져 줄을 이룬다. 귀청의 지름이 눈의 2/3이다. 물갈퀴가 거의 없고 발가락이 긴 것이 특징이다. 주둥이가 뾰족하고 유선형이며 날씬하다. 짝짓기 때는 암컷의 배가 붉어진다. 다리에 몸통보다 진한 검은색의 줄무늬가 있다.

◎ 서식지 : 주로 산지 농경지, 수로, 계곡, 도서지역에서는 평지의 하천, 수로 등에 집단으로 서식한다. 북방산개구리나 계곡산객리에 비해 고도가 더 낮은 곳에 서식한다.

◎ 번식 : 번식기는 2월 말에서 4월 말이며 산란 시기 또한 2월 말에서 4월 말이다. 산란 수는 30~60개로 가장 먼저 겨울잠에서 깨어나 알을 낳는다. 알은 물 속에 가라 앉으며, 알덩이가 북방산개구리의 알덩이보다 작은 편이다.

◎ 분포 : 중국, 러시아, 몽고에 분포하며 우리나라의 경우 도서지방을 제외한 전역에 서식한다.

◎ 분류적 특징 : 한국산개구리는 예전 분류학적 체계에서 아무르산개구리의 한 아종으로서 Rana amurensis coreana로 분류되었으나 러시아의 아무르산개구리와 형태 및 유전정보의 차이가 밝혀져 2006년부터  한국산개구리 Rana coreana로 변경되었다.


그림입니다. 원본 그림의 이름: 20191126_004128.png 원본 그림의 크기: 가로 700pixel, 세로 638pixel

▣ 국    명: 한국산개구리

▣ 영    명: Korean Brown Frog

▣ 학    명: Rana coreana

▣ 지정번호: 고유종

 ▣ 계    통: 양서강-무미목-개구리과

1) 채집정보

- 채집허가: (고유종)

- 채 집 자: 서울대학교 민미숙

2) 채집현황 및 샘플처리

한국산개구리 채집현황

샘플처리

채집일

개체 수

DNAseq

RNAseq

표본

2014.06.13

4 EA

3 EA (몸통)

3 EA (내장)

1 EA, 70% EtOH


3) QC Data

샘플종

DNA QC

RNA QC

Result

Concentration (ug/ul)

Total Conc. (ug)

Concentration (ug/ul)

RIN (>7)

한국산개구리

204.5

36.8

941

7.9

pass

4) 기존 NCBI Taxonomy 유전정보 현황

유전정보 종류

Rana 속 유전자원

Rana coreana 유전자원 

Nucleotide

623,872

46

Protein

42,616

46

Genome

13

-

Gene

682

-


5) Sequencing 분석 결과

- Illumina DNA Sequncing 결과

Input information

　

Region1

Region2

Region3

Region4

Region5

Region6

Total

raw data

Number Of Reads

50,575,870 

50,575,870 

51,296,117 

51,296,117 

24,836,362 

24,836,362 

253,416,698 

Number Of Bases

6,372,559,620 

6,372,559,620 

6,463,310,742 

6,463,310,742 

3,129,381,612 

3,129,381,612 

31,930,503,948 

error correction

Number Of Reads

32,542,947 

31,882,394 

34,639,181 

34,261,207 

12,606,447 

12,406,604 

158,338,780 

Number Of Bases

3,201,574,831 

3,115,010,764 

3,456,089,885 

3,403,093,808 

1,229,834,433 

1,202,324,344 

15,607,928,065 

pair reads

Number Of Reads

 

50,694,724 

 

55,058,516 

 

18,860,818 

124,614,058 

Number Of Bases

 

5,191,957,204 

 

5,701,574,390 

 

1,935,330,406 

12,828,862,000 

single reads

Number Of Reads

 

13,730,617 

 

13,841,872 

 

6,152,233 

33,724,722 

Number Of Bases

 

1,124,628,391 

 

1,157,609,303 

 

496,828,371 

2,779,066,065 

Assembly Results

Scaffold Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Scaffolds

762,316 

762,316 

7,716 

556 

39 

Number Of Bases

127,005,308 

127,005,308 

5,238,137 

753,158 

104,060 

Avg. Scaffold Size

166 

166 

678 

1,354 

2,668 

N50 Scaffold Size

162 

162 

641 

1,273 

2,501 

N80 Scaffold Size

122 

122 

541 

1,085 

2,166 

N90 Scaffold Size

108 

108 

519 

1,038 

2,073 

largest Scaffold Size

8,766 

8,766 

8,766 

8,766 

8,766 

Contig Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Contigs

22,666,825 

844,997 

2,566 

223 

23 

Number Of Bases

1,319,872,730 

130,179,797 

1,785,966 

319,091 

66,044 

Avg. Contig Size

58 

154 

696 

1,430 

2,871 

N50 Contig Size

53 

153 

650 

1,320 

2,536 

N80 Contig Size

47 

119 

542 

1,109 

2,238 

N90 Contig Size

46 

108 

519 

1,057 

2,157 

Largest Contig Size

8,766 

8,766 

8,766 

8,766 

8,766 

 

 - Illumina RNA Sequncing 결과

Input information

　

　

　

Region1

Region2

Total

raw data

Number Of Reads

 

 

119,908,635 

119,908,635 

239,817,270 

Number Of Bases

 

 

15,108,488,010 

15,108,488,010 

30,216,976,020 

error correction

Number Of Reads

 

 

117,986,311 

116,790,006 

234,776,317 

Number Of Bases

 

 

14,611,372,750 

14,434,014,702 

29,045,387,452 

pair reads

Number Of Reads

 

 

 

 

232,474,692 

Number Of Bases

 

 

 

 

28,795,593,860 

single reads

Number Of Reads

 

 

 

 

2,301,625 

Number Of Bases

 

 

 

 

249,793,592 

Assembly Results

Scaffold Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Scaffolds

168,341 

168,341 

32,466 

13,150 

4,024 

Number Of Bases

67,016,492 

67,016,492 

39,022,811 

25,627,672 

13,056,363 

Avg. Scaffold Size

398 

398 

1,201 

1,948 

3,244 

N50 Scaffold Size

666 

666 

1,390 

2,028 

3,210 

N80 Scaffold Size

226 

226 

749 

1,317 

2,376 

N90 Scaffold Size

152 

152 

613 

1,149 

2,163 

largest Scaffold Size

20,921 

20,921 

20,921 

20,921 

20,921 

Contig Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Contigs

2,832,511 

237,434 

27,131 

8,481 

1,677 

Number Of Bases

181,289,975 

67,243,738 

26,695,336 

13,920,830 

4,761,863 

Avg. Contig Size

64 

283 

983 

1,641 

2,839 

N50 Contig Size

63 

364 

1,037 

1,626 

2,737 

N80 Contig Size

35 

162 

656 

1,197 

2,234 

N90 Contig Size

32 

126 

572 

1,089 

2,114 

Largest Contig Size

13,557 

13,557 

13,557 

13,557 

13,557 

 

Sample

구분

raw data size

trim data size

비고

한국산개구리

DNA

31,930,503,948

15,607,928,065

 

RNA

30,216,976,020 

29,045,387,452 

 


(3) 기타분석

A. Genome Size estimation

샘 플 명

Kmer size

Kmer total

Pk depth

Genome_size

Coverage(X)

한국산개구리

23

7,889,835,720

126

62,617,743 

161.538



B. 반복서열

- 시퀀싱이 완료된 한국산개구리 DNA 및 RNA의 contigs 중 1kb 이상의 contigs의 반복서열을 탐색(Left; Repeat masking results of DNA contigs, Right; Repeat masking results of RNA contigs).

sequences: 132

 

sequences: 8481

total length: 182,752 bp (182,752 bp excl N/X-runs)

 

total length: 13,920,830 bp (13,920,830 bp excl  N/X-runs)

GClevel: 43.18%

 

GC level: 45.50%

bases masked: 5,851bp ( 3.20%)

 

bases masked: 66,786 bp ( 0.48%)

 

numberof

elements

length

occupied

percentage

of sequence

 

 

numberof

elements

length

occupied

percentage

of sequence

SINEs:          

0

0 bp

0.00%

 

SINEs:          

0

0 bp

0.00%

 

ALUs      

0

0 bp

0.00%

 

 

ALUs      

0

0 bp

0.00%

 

MIRs      

0

0 bp

0.00%

 

 

MIRs      

0

0 bp

0.00%

LINEs:          

2

145 bp

0.08%

 

LINEs:          

17

1,906 bp

0.01%

 

LINE1     

2

145 bp

0.08%

 

 

LINE1     

7

1,195 bp

0.01%

 

LINE2     

0

0 bp

0.00%

 

 

LINE2     

2

132 bp

0.00%

 

L3/CR1    

0

0 bp

0.00%

 

 

L3/CR1    

6

488 bp

0.00%

LTRelements:   

1

714 bp

0.39%

 

LTRelements:   

5

563 bp

0.00%

 

ERVL      

0

0 bp

0.00%

 

 

ERVL      

2

118 bp

0.00%

 

ERVL-MaLRs

0

0 bp

0.00%

 

 

ERVL-MaLRs

0

0 bp

0.00%

 

ERV_classI 

0

0 bp

0.00%

 

 

ERV_classI 

0

0 bp

0.00%

 

ERV_classII

0

0 bp

0.00%

 

 

ERV_classII

0

0 bp

0.00%

DNAelements:   

10

4,735 bp

2.59%

 

DNAelements:   

39

3,894 bp

0.03%

 

hAT-Charlie 

4

2,073 bp

1.13%

 

 

hAT-Charlie 

27

2,315 bp

0.02%

 

TcMar-Tigger

0

0 bp

0.00%

 

 

TcMar-Tigger

1

61 bp

0.00%

Unclassified:   

0

0 bp

0.00%

 

Unclassified:   

0

0 bp

0.00%

Total interspersed repeats:

 

5,594 bp

3.06%

 

Total interspersed repeats:

 

6,363 bp

0.05%

Small RNA:

4

257 bp

0.14%

 

Small RNA:

6

2,083 bp

0.01%

Satellites:

0

0 bp

0.00%

 

Satellites:

0

0 bp

0.00%

Simple repeats:

0

0 bp

0.00%

 

Simple repeats:

1155

44,636 bp

0.32%

Low complexity:

0

0 bp

0.00%

 

Low complexity:

275

13,704 bp

0.10%

 



D. Mito-genome Map


그림입니다. 원본 그림의 이름: 슬라이드2.JPG 원본 그림의 크기: 가로 960pixel, 세로 720pixel



(4) Microsatellite 후보군

A. SSR statistics

Motif(-mer)

2

3

4

5

6

7

8

9

10

Total

한국산개구리

69

11

8

-

-

-

-

-

-

88


B. 바코드서열


>한국산개구리(Rana coreana)

GGCATAATTGGAACAGCCCTAAGCCTCCTCATCCGAGCAGAACTCAGCCAGCCGGGGACC

CTCCTGGGGGATGATCAAATTTACAATGTCATCGTCACTGCCCATGCATTCGTAATAATT

TTTTTTATGGTTATACCAATTTTAATCGGGGGCTTTGGCAATTGGCTTGTCCCACTAATG

ATTGGAGCCCCCGACATAGCTTTCCCGCGAATAAACAACATAAGCTTCTGACTACTCCCA

CCTTCCTTTTTTCTTCTCTTGGCCTCTTCCACAGTTGAAGCAGGAGCAGGCACAGGCTGA

ACAGTCTACCCCCCTCTAGCTAGCAATCTAGCCCACGCTGGGCCATCAGTAGACATGGCC

ATCTTCTCTCTACACCTAGCCGGGGTATCATCCATTCTAGGGGCCATTAACTTTATCACA

ACAATTGTTAATATAAAACCCTCATCCACAACCCAGTACCAAACACCTCTCTTTGTATGA

TCCGTCTTAATTACTGCTGTTCTTCTACTTCTTTCCCTCCCCGTCCTGGCCGCCGGAATC

ACTATACTCCTCACAGACCGAAACCTAAACACTACCTTCTTCGATCCTGCCGGAGGCGGA


그림입니다.