깊은산부전나비 (Protantigius superans)

그림입니다. 원본 그림의 이름: 20191126_003550.png 원본 그림의 크기: 가로 843pixel, 세로 590pixel

▣ 국    명: 깊은산부전나비

▣ 학    명: Protantigius superans

▣ 지정번호: 멸종위기동물 Ⅱ급

▣ 계    통: 곤충강-나비목-부전나비과

◎ 생김새 : 날개를 편 길이가 37mm로 수컷에 비해 암컷이 조금 크다. 암컷 날개의 바깥 가장자리가 둥글며, 날개 윗면에 흰색 무늬가 있는 것이 특징이다.

◎ 서식지 : 높은 산지의 잡목림이나 그 주변 계곡에 서식하면서 높이 매달린 참나무의 잎 위에서 서식한다. 수컷은 오전에 높이가 낮은 풀 위에서 일광욕을 하며 한낮에 높은 나무위에서 머무는 것이 특징이다.

◎ 먹이 : 암컷의 경우 큰까치수염의 꽃에서 즙을 빨아먹는다.

◎ 번식 : 6~8월에 걸쳐 연 1회 산란한다.

◎ 분포 : 한국의 설악산?태백산?계룡산?소백산에서 분포가 확인되고 있으며 중국 서부, 아무르 지방 등에도 분포한다.


1) 채집정보

- 채집허가: 2014.06.30 / 5마리

- 채 집 자: 빛고을생태연구소 정헌천


2) 채집현황 및 샘플처리

깊은산부전나비 채집현황

샘플처리

채집일

개체 수

DNAseq

RNAseq

표본

2014.07.30

5 EA

3 EA

2 EA

-


3) QC Data

샘플종

DNA QC

RNA QC

Result

Concentration (ug/ul)

Total Conc. (ug)

Concentration (ug/ul)

RIN (>7)

깊은산부전나비

67

13.4

605

7.7

pass


4) 기존 NCBI Taxonomy 유전정보 현황

유전정보 종류

Protantigius 속 유전자원

Protantigius superans 유전자원 

Nucleotide

2

2

Protein

26

26

Genome

1

1

Gene

13

13


5) Sequencing 분석 결과

- Illumina DNA Sequncing 결과

Input information

　

　

　

Region1

Region2

Total

raw data

Number Of Reads

 

 

129,863,893

129,863,893

259,727,786

Number Of Bases

 

 

16,362,850,518

16,362,850,518

32,725,701,036

error correction

Number Of Reads

 

 

129,112,091

128,020,730

257,132,821

Number Of Bases

 

 

16,086,253,244

15,854,149,526

31,940,402,770

pair reads

Number Of Reads

 

 

 

 

254,559,484

Number Of Bases

 

 

 

 

31,620,310,238

single reads

Number Of Reads

 

 

 

 

2,573,337

Number Of Bases

 

 

 

 

320,092,532

Assembly Results

Scaffold Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Scaffolds

1,421,831

1,421,831

273,866

87,796

16,473

Number Of Bases

497,650,177

497,650,177

271,752,744

142,465,164

46,860,340

Avg. Scaffold Size

350

350

992

1,622

2,844

N50 Scaffold Size

568

568

1,038

1,600

2,745

N80 Scaffold Size

198

198

672

1,185

2,224

N90 Scaffold Size

135

135

582

1,085

2,106

largest Scaffold Size

25,015

25,015

25,015

25,015

25,015

Contig Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Contigs

10,316,484

1,421,831

273,866

87,796

16,473

Number Of Bases

883,912,259

497,650,177

271,752,744

142,465,164

46,860,340

Avg. Contig Size

85

350

992

1,622

2,844

N50 Contig Size

140

568

1,038

1,600

2,745

N80 Contig Size

38

198

672

1,185

2,224

N90 Contig Size

33

135

582

1,085

2,106

Largest Contig Size

25,015

25,015

25,015

25,015

25,015

 - Illumina RNA Sequncing 결과

Input information

　

Region1

Region2

Region3

Region4

Total

raw data

Number Of Reads

86,953,698 

86,953,698 

42,483,837 

42,483,837 

258,875,070 

Number Of Bases

10,956,165,948 

10,956,165,948 

5,352,963,462 

5,352,963,462 

32,618,258,820 

error correction

Number Of Reads

86,247,434 

85,658,620 

42,041,849 

41,735,911 

255,683,814 

Number Of Bases

10,727,944,064 

10,633,308,735 

5,205,155,945 

5,170,541,353 

31,736,950,097 

pair reads

Number Of Reads

 

170,754,850 

 

83,210,134 

253,964,984 

Number Of Bases

 

21,230,599,163 

 

10,313,925,455 

31,544,524,618 

single reads

Number Of Reads

 

1,151,204 

 

  567,626

1,718,830 

Number Of Bases

 

130,653,636 

 

61,771,843 

192,425,479 

Assembly Results

Scaffold Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Scaffolds

  1,486,160

1,486,160 

 272,048

     80,236

     13,142

Number Of Bases

500,048,358 

 500,048,358

258,627,728 

125,944,334 

36,571,418 

Avg. Scaffold Size

       336

   336

   950

   1,569  

  2,782  

N50 Scaffold Size

       523

 523

    981

     1,537  

   2,677  

N80 Scaffold Size

     192

    192

   655

  1,166  

   2,206  

N90 Scaffold Size

       134

   134

   573

 1,077  

  2,097  

largest Scaffold Size

   25,015  

    25,015

  25,015

  25,015

    25,015

Contig Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Contigs

10,352,244 

 1,498,015

271,732 

 79,240

    12,551

Number Of Bases

886,544,103 

500,253,443 

256,378,111 

123,288,925 

34,571,699 

Avg. Contig Size

    85

     333

     943

  1,555  

  2,754  

N50 Contig Size

     140

 517

          972

       1,521  

  2,649  

N80 Contig Size

    38

190 

    652

      1,162  

 2,198  

N90 Contig Size

    33

      134

    572

  1,075  

  2,093  

Largest Contig Size

    25,015  

 25,015

  25,015

     25,015

   25,015

나) 멸종위기종 동물 Genome Survey


 

검수용  샘플 DNA 농도 및 총 양, 확증표본 현황표

　Sample명

농도(ng/ul)

Volume(ul)

DNA 총량(ug)

O.D A260/280

확증표본

채집허가일

채집일

깊은산부전나비

751

996

747

2.02

○

2014.6.30

2014.7.30


(2) 유전체 서열확보 : 현재 20종 확보

Sample

구분

raw data size

trim data size

비고

깊은산부전나비

DNA

32,725,701,036 

31,940,402,770 

 

RNA

32,618,258,820 

31,736,950,097 

 


(3) 기타분석

A. Genome Size estimation

샘 플 명

Kmer size

Kmer total

Pk depth

Genome_size

Coverage(X)

깊은산부전나비

23

20,258,767,308

28

723,527,403 

35.8974



B. 반복서열

-  시퀀싱이 완료된 깊은산부전나비 DNA 및 RNA의 contigs 중 1kb 이상의 contigs의 반복서열을 탐색(Left; Repeat masking results of DNA contigs, Right; Repeat masking results of RNA contigs).

sequences: 87,796

 

sequences: 6,332

total length:  142,465,164 bp (142,465,164 bp excl N/X-runs)

 

total length: 9,820,280 bp (9,820,280 bp excl  N/X-runs)

GClevel:35.29% 

 

GC level: 39.00 %

bases masked:  54,158 bp ( 0.04 %)

 

bases masked: 3,079 bp ( 0.03 %)

 

numberof

elements

length

occupied

percentage

of sequence

 

 

numberof

elements

length

occupied

percentage

of sequence

SINEs:          

19

941 bp

0.00%

 

SINEs:          

0

0 bp

0.00%

 

ALUs      

0

0 bp

0.00%

 

 

ALUs      

0

0 bp

0.00%

 

MIRs      

13

691 bp

0.00%

 

 

MIRs      

0

0 bp

0.00%

LINEs:          

139

12401 bp

0.01%

 

LINEs:          

9

601 bp

0.01%

 

LINE1     

10

617 bp

0.00%

 

 

LINE1     

2

116 bp

0.00%

 

LINE2     

22

1442 bp

0.00%

 

 

LINE2     

0

0 bp

0.00%

 

L3/CR1    

65

4201 bp

0.00%

 

 

L3/CR1    

6

355 bp

0.00%

LTRelements:   

12

757 bp

0.00%

 

LTRelements:   

1

45 bp

0.00%

 

ERVL      

2

71 bp

0.00%

 

 

ERVL      

0

0 bp

0.00%

 

ERVL-MaLRs

0

0 bp

0.00%

 

 

ERVL-MaLRs

0

0 bp

0.00%

 

ERV_classI 

6

394 bp

0.00%

 

 

ERV_classI 

1

45 bp

0.00%

 

ERV_classII

0

0 bp

0.00%

 

 

ERV_classII

0

0 bp

0.00%

DNAelements:   

201

31416 bp

0.02%

 

DNAelements:   

16

2210 bp

0.02%

 

hAT-Charlie 

62

9596 bp

0.01%

 

 

hAT-Charlie 

4

307 bp

0.00%

 

TcMar-Tigger

18

2500 bp

0.00%

 

 

TcMar-Tigger

2

225 bp

0.00%

Unclassified:   

39

2830 bp

0.00%

 

Unclassified:   

3

223 bp

0.00%

Total interspersed  repeats:

 

48345 bp

0.03%

 

Total interspersed repeats:

 

3079 bp

0.03%

Small RNA:

104

5884 bp

0.00%

 

Small RNA:

0

0 bp

0.00%

Satellites:

0

0 bp

0.00%

 

Satellites:

0

0 bp

0.00%

Simple repeats:

0

0 bp

0.00%

 

Simple repeats:

0

0 bp

0.00%

Low complexity:

0

0 bp

0.00%

 

Low complexity:

0

0 bp

0.00%




D. Mito-genome Map


그림입니다. 원본 그림의 이름: 슬라이드2.JPG 원본 그림의 크기: 가로 960pixel, 세로 720pixel

(4) Microsatellite 후보군

A. SSR statistics

Motif(-mer)

2

3

4

5

6

7

8

9

10

Total

깊은산부전나비

15,573

9,416

536

72

24

2

-

-

-

25,623


B. 바코드서열

>깊은산부전나비(Protantigius superans)

AAAAAAAATATTACGCTGTTATCCCTAAGGTAATTTTTTCTTTTAATCATTAATTATGGA

TCATTTATTCATTTATTTTTGTTTAATTTTAAAAAAAGTTTATTTAATTTTTTTATCACC

CCAATACAATAATTATTTATCTTAAATATTAAATTTTTATATAAATATTTTAAATTAATA

ATTATAAAACTCTATAGGGTCTTCTCGTCTTTTAATTTTATTTTAGCTTTTTAACTAAAA

AATTAAATTCTATAAATAACTAAGAGACAGTTTATATTTCATCAAATCTTTCATACAAGT

CTTCAATTAAAAGACTAATGATTATGCTACCTTTGTACAGTCAATATACTGCAGCCCTTT

AATAATTAAATCAGTGGGCAGATTAGACTTTAAATTATTTTTCAAAAAGACATGTTTTTG

TTAAACAGGTGAATATATTAATTTGCCGAATTCCTTTTAATTATATTTTAATAATTCATA

TTTATTTTAAATTATTTTATTATACTAATTTTATCATTTTTTTTAATATTATTTAATTAA

AAATTATATTTTTATAAAAAATTAAATTCATATTAAATTTTATTCTAAATAAAATTTTTT

ATAATAAACTTTAATTTTTAAACAATATAAATTTTAAAAATTTTAT




그림입니다.