금개구리 (Pelophylax chosenicus)

그림입니다. 원본 그림의 이름: 20191126_002253.png 원본 그림의 크기: 가로 1002pixel, 세로 717pixel

▣ 국    명: 금개구리

▣ 영    명: Korean Golden frog

▣ 학    명: Pelophylax chosenicus

▣ 지정번호: 멸종위기야생동물 Ⅱ급

▣ 계    통: 양서강-무미목-개구리과

  


◎ 생김새 : 등은 전반적으로 밝은 녹색, 배는 노란색을 띤다. 체형은 유선형이고 크기는 4~6cm 정도이다. 몸의 크기는 참개구리와 거의 같고 그 모양 또한 유사하나 등 옆선을 이루는 두 줄의 융기가 금색으로 돌출되어 있어 구별이 가능하다. 암?수 모두 울음주머니가 없는 것이 특징이다.

◎ 서식지 : 주로 서해안을 따라 저습지와 논 등지에서 서식하며 산란장소와 서식지를 공유한다. 주로 물에서 생활하며 위험을 느낄 때는 물속으로 뛰어들어 진흙에 몸을 감추기도 한다.

◎ 먹이 : 주로 곤충과 같은 절지동물을 섭식하며 거미류도 포식한다.

◎ 번식 : 산란 시기는 지역에 따라 차이가 있으며 대개 5월에서 7월에 번식한다.

◎ 분포 : 우리나라의 전역에 분포하였으나 서식지 파괴 및 농약살포로 개체수가 현저히 감소하였다. 현재 인천, 경기도, 충남, 경남 합천 지역에서 서식이 확인되고 있다.


1) 채집정보

- 채집허가: 2014.07.17 / 3마리

- 채 집 자: 서울대학교 민미숙


2) 채집현황 및 샘플처리

금개구리 채집현황

샘플처리

채집일

개체 수

DNAseq

RNAseq

표본

2014.07.30

3 EA

2 EA (몸통)

2 EA (내장)

1 EA, 70% EtOH


3) QC Data

샘플종

DNA QC

RNA QC

Result

Concentration (ug/ul)

Total Conc. (ug)

Concentration (ug/ul)

RIN (>7)

금개구리

168.7

30.3

588.2

8

pass

4) 기존 NCBI Taxonomy 유전정보 현황

유전정보 종류

Pelophylax 속 유전자원

Pelophylax chosenicus 유전자원 

Nucleotide

6,006

292

Protein

5,268

125

Genome

13

-

Gene

421

12


5) Sequencing 분석 결과

 - Illumina DNA Sequncing 결과

Input information

　

　

　

Region1

Region2

Total

raw data

Number Of Reads

 

 

191,514,083 

191,514,083 

383,028,166 

Number Of Bases

 

 

24,130,774,458 

24,130,774,458 

48,261,548,916 

error correction

Number Of Reads

 

 

180,760,039 

178,205,456 

358,965,495 

Number Of Bases

 

 

20,804,185,966 

20,391,011,834 

41,195,197,800 

pair reads

Number Of Reads

 

 

 

 

341,805,376 

Number Of Bases

 

 

 

 

39,508,954,354 

single reads

Number Of Reads

 

 

 

 

17,160,119 

Number Of Bases

 

 

 

 

1,686,243,446 

Assembly Results

Scaffold Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Scaffolds

3,917,707 

3,917,707 

625,561 

111,120 

5,586 

Number Of Bases

1,193,664,158 

1,193,664,158 

494,890,520 

147,341,835 

13,292,621 

Avg. Scaffold Size

304 

304 

791 

1,325 

2,379 

N50 Scaffold Size

418 

418 

788 

1,283 

2,304 

N80 Scaffold Size

193 

193 

594 

1,091 

2,093 

N90 Scaffold Size

131 

131 

544 

1,042 

2,045 

largest Scaffold Size

12,888 

12,888 

12,888 

12,888 

12,888 

Contig Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Contigs

74,088,165 

6,311,447 

211,521 

9,614 

72 

Number Of Bases

3,971,713,837 

1,218,958,721 

139,064,558 

11,397,951 

180,329 

Avg. Contig Size

53 

193 

657 

1,185 

2,504 

N50 Contig Size

50 

204 

637 

1,144 

2,378 

N80 Contig Size

33 

127 

544 

1,046 

2,101 

N90 Contig Size

32 

111 

520 

1,021 

2,044 

Largest Contig Size

5,517 

5,517 

5,517 

5,517 

5,517 

 

 - Illumina RNA Sequncing 결과

Input information

　

　

　

Region1

Region2

Total

raw data

Number Of Reads

 

 

140,093,046 

140,093,046 

280,186,092 

Number Of Bases

 

 

17,651,723,796 

17,651,723,796 

35,303,447,592 

error correction

Number Of Reads

 

 

138,052,733 

136,753,947 

274,806,680 

Number Of Bases

 

 

17,111,028,619 

16,917,671,690 

34,028,700,309 

pair reads

Number Of Reads

 

 

 

 

272,287,600 

Number Of Bases

 

 

 

 

33,752,871,362 

single reads

Number Of Reads

 

 

 

 

2,519,080 

Number Of Bases

 

 

 

 

275,828,947 

Assembly Results

Scaffold Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Scaffolds

169,398 

169,398 

34,901 

15,461 

5,195 

Number Of Bases

72,719,541 

72,719,541 

45,075,088 

31,605,804 

17,388,315 

Avg. Scaffold Size

429 

429 

1,291 

2,044 

3,347 

N50 Scaffold Size

785 

785 

1,553 

2,177 

3,395 

N80 Scaffold Size

244 

244 

797 

1,361 

2,421 

N90 Scaffold Size

158 

158 

630 

1,164 

2,198 

largest Scaffold Size

17,029 

17,029 

17,029 

17,029 

17,029 

Contig Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Contigs

2,700,519 

240,510 

32,133 

10,912 

2,318 

Number Of Bases

181,187,643 

73,460,317 

32,925,943 

18,341,430 

6,697,539 

Avg. Contig Size

67 

305 

1,024 

1,680 

2,889 

N50 Contig Size

63 

424 

1,098 

1,681 

2,802 

N80 Contig Size

36 

171 

675 

1,210 

2,252 

N90 Contig Size

32 

130 

580 

1,095 

2,119 

Largest Contig Size

9,924 

9,924 

9,924 

9,924 

9,924 

 

Sample

구분

raw data size

trim data size

비고

금개구리

DNA

48,261,548,916 

41,195,197,800 

　

RNA

35,303,447,592 

34,028,700,309 

　


(3) 기타분석

A. Genome Size estimation

샘 플 명

Kmer size

Kmer total

Pk depth

Genome_size

Coverage(X)

금개구리

23

29,876,196,948

3

9,958,732,316 

3.84615


B. 반복서열

- 시퀀싱이 완료된 금개구리 DNA 및 RNA의 contigs 중 1kb 이상의 contigs의 반복서열을 탐색 (Left; Repeat masking results of DNA contigs, Right; Repeat masking results of RNA contigs).

sequences: 9,614

 

sequences: 10,912

total length: 11,397,951 bp (11,397,951 bp excl N/X-runs)

 

total length: 18,341,430 bp (18,341,430 bp excl  N/X-runs)

GClevel: 42.49%

 

GC level: 44.90%

bases masked: 27,311 bp ( 0.24%)

 

bases masked: 19,949 bp ( 0.11%)

 

numberof

elements

length

occupied

percentage

of sequence

 

 

numberof

elements

length

occupied

percentage

of sequence

SINEs:          

8

733 bp

0.01%

 

SINEs:          

3

285 bp

0.00%

 

ALUs      

0

0 bp

0.00%

 

 

ALUs      

0

0 bp

0.00%

 

MIRs      

3

166 bp

0.00%

 

 

MIRs      

0

0 bp

0.00%

LINEs:          

81

9,225 bp

0.08%

 

LINEs:          

46

5,211 bp

0.03%

 

LINE1     

42

4,428 bp

0.04%

 

 

LINE1     

20

2,311 bp

0.01%

 

LINE2     

20

2,836 bp

0.02%

 

 

LINE2     

10

919 bp

0.01%

 

L3/CR1    

14

1,620 bp

0.01%

 

 

L3/CR1    

13

1,822 bp

0.01%

LTRelements:   

24

6,112 bp

0.05%

 

LTRelements:   

9

1,887 bp

0.01%

 

ERVL      

0

0 bp

0.00%

 

 

ERVL      

1

40 bp

0.00%

 

ERVL-MaLRs

0

0 bp

0.00%

 

 

ERVL-MaLRs

0

0 bp

0.00%

 

ERV_classI 

3

270 bp

0.00%

 

 

ERV_classI 

4

1,171 bp

0.01%

 

ERV_classII

0

0 bp

0.00%

 

 

ERV_classII

1

83 bp

0.00%

DNAelements:   

88

8,417 bp

0.07%

 

DNAelements:   

100

11,350 bp

0.06%

 

hAT-Charlie 

47

3,838 bp

0.03%

 

 

hAT-Charlie 

74

6,662 bp

0.04%

 

TcMar-Tigger

24

2,877 bp

0.03%

 

 

TcMar-Tigger

4

509 bp

0.00%

Unclassified:   

1

76 bp

0.00%

 

Unclassified:   

1

67 bp

0.00%

Total interspersed repeats:

 

24,563 bp

0.22%

 

Total interspersed repeats:

 

18,800 bp

0.10%

Small RNA:

22

3,210 bp

0.03%

 

Small RNA:

8

1,397 bp

0.01%

Satellites:

0

0 bp

0.00%

 

Satellites:

0

0 bp

0.00%

Simple repeats:

0

0 bp

0.00%

 

Simple repeats:

0

0 bp

0.00%

Low complexity:

0

0 bp

0.00%

 

Low complexity:

0

0 bp

0.00%



D. Mito-genome Map

그림입니다. 원본 그림의 이름: 슬라이드1.JPG 원본 그림의 크기: 가로 960pixel, 세로 720pixel



(4) Microsatellite 후보군

A. SSR statistics

Motif(-mer)

2

3

4

5

6

7

8

9

10

Total

금개구리

556

68

22

3

-

-

-

-

-

649


B. 바코드서열

>금개구리(Pelophylax chosenicus)

ATATTTACCCGTTGATTCTTCTCTACTAACCATAAAGATATCGGAACCCTTTACTTAATC

TTTGGCGCATGAGCAGGGATAGTCGGCACAGCCTTAAGCCTGCTTATCCGAGCGGAATTA

AGCCAACCCGGAACCCTTCTCGGCGATGACCAAATCTACAACGTAATTGTTACCGCCCAC

GCTTTTGTAATAATTTTCTTCATAGTCATGCCTATTCTAATCGGGGGCTTCGGAAACTGA

CTTGTCCCACTAATGATCGGCGCCCCTGACATGGCCTTCCCACGAATAAACAATATAAGC

TTCTGGCTTCTACCACCCTCCTTCTTTCTTCTCCTAGCTTCCTCGACAGTAGAAGCAGGA

GCAGGGACAGGTTGAACTGTTTACCCCCCTCTAGCCGGCAATCTCGCCCATGCCGGACCG

TCTGTAGACCTGGCCATTTTTTCCCTTCACTTAGCCGGGGTTTCATCAATTTTAGGGGCT

ATTAATTTTATTACAACTATTATTAATATGAAACCCACATCTATTACACAATACCAAACA

CCCCTATTCGTTTGATCTGTATTAATTACCGCCGTACTACTTCTGCTCTCCCTTCCTGTA

CTGGCAGCCGGCATTACAATACTTCTTACTGACCGTAATCTAAATACAACATTCTTTGAC

CCAGCGGGTGGAGGAGATCCCATCCTTTACCAACACTTATTCTGATTCTTTGGCCATCCT

GAAGTCTACATTCTGATCCTCCCAGGATTCGGAATTATTTCCCACGTAGTAGCCTACTAC

TCCAACAAAAAAGAACCTTTTGGTTATATGGGCATGGTCTGAGCAATATTATCCATTGGC

CTCTTGGGCTTTATCGTGTGGGCTCATCATATATTTACCACAGACCTTAATGTAGACACA

CGCGCCTATTTTACATCAGCAACAATAATCATTGCCATCCCAACCGGAGTCAAAGTATTT

AGCTGACTGGCCACCATGCACGGAGGAATCATCAA


그림입니다.