고운까막노래기 (Oxidus gracilis)

그림입니다. 원본 그림의 이름: CLP000011500003.bmp 원본 그림의 크기: 가로 171pixel, 세로 119pixel

▣ 국    명: 고운까막노래기

▣ 학    명: Oxidus gracilis

▣ 지정번호: 고유종

▣ 계    통: 노래기강-띠노래기목-무당노래기과

  


◎ 생김새 : 몸은 흑색이나 갈색이고 몸통날개, 꼬리, 촉각의 끝, 다리, 배 쪽의 색깔은 황백색이다. 몸길이는 24~25mm이다. 몸통 단면은 둥글고 측면에 몸통 날개가 뒤쪽으로 뾰족하게 나 있다. 몸통날개는 3번째 몸마디부터 발달하여 7번째까지 커지다가 이후부터 현저하게 작아져 19번째 마디에서 사라지는 특징을 보인다. 몸통은 등 쪽에서 보면 3번째 마디까지는 점차 좁아지다가 다시 넓어져 15~16번째 몸마디부터 점차 좁아진다. 수컷의 4번째 배판에 삼각형 모양의 막조각이 없다. 수컷의 생식지는 기절과 전퇴절이 짧고 센털이 밀생한다. 퇴절의 말단부는 곤봉모양이며 경절은 편평한 초승달 모양의 가지로 밑부분에 커다란 옆가지가 있다. 부절은 넓고 두가지로 나뉘며 말단부는 여러 갈래로 갈라져 변이가 많다. 익산노래기와 유사하지만 수컷 생식지 말단부가 다른 것으로 구분할 수 있다.

◎ 서식지 : 인가 부근에 서식하며 썩은 짚이나 보리짚에서 5~9월 대발생을 하기도 한다.

◎ 분포 : 한국이 모식산지로 추정되는 노래기로 유일하게 전 세계에 분포하는 종이다.


1) 채집정보

- 채집허가: (고유종)

- 채 집 자: 경북대학교 황의욱


2) 채집현황 및 샘플처리

고운까막노래기 채집현황

샘플처리

채집일

개체 수

DNAseq

RNAseq

표본

2014.07.02

20 EA

10 EA

9 EA

1 EA


3) QC Data

샘플종

DNA QC

RNA QC

Result

Concentration (ug/ul)

Total Conc. (ug)

Concentration (ug/ul)

RIN (>7)

고운까막노래기

38.3

8

394

7.1

pass

4) 기존 NCBI Taxonomy 유전정보 현황

유전정보 종류

Oxidus 속 유전자원

Oxidus gracilis 유전자원 

Nucleotide

56

32

Protein

34

27


5) Sequencing 분석 결과

- Illumina DNA Sequncing 결과

Input information

　

　

　

Region1

Region2

Total

raw data

Number Of Reads

 

 

144,946,656 

144,946,656

289,893,312

Number Of Bases

 

 

18,263,278,656 

18,263,278,656 

36,526,557,312 

error correction

Number Of Reads

 

 

139,955,794 

138,060,685

278,016,479

Number Of Bases

 

 

17,182,275,706 

16,976,750,298 

34,159,026,004 

pair reads

Number Of Reads

 

 

 

 

272,536,504 

Number Of Bases

 

 

 

 

33,568,378,377

single reads

Number Of Reads

 

 

 

 

5,479,975 

Number Of Bases

 

 

 

 

590,647,627 

Assembly Results

Scaffold Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Scaffolds

894,760

894,760

88,093

23,931

5,509

Number Of Bases

234,980,039

234,980,039

90,213,525

46,600,245

22,268,061

Avg. Scaffold Size

262

262

1,024

1,947

4,042

N50 Scaffold Size

343

343

1,031

1,907

4,041

N80 Scaffold Size

141

141

648

1,225

2,513

N90 Scaffold Size

118

118

568

1,101

2,220

largest Scaffold Size

106,709

106,709

106,709

106,709

106,709

Contig Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Contigs

5,973,946

1,277,009

55,077

9,797

1,293

Number Of Bases

554,231,917

248,936,410

46,751,341

16,613,261

5,632,858

Avg. Contig Size

92

194

848

1,695

4,356

N50 Contig Size

91

191

814

1,522

4,643

N80 Contig Size

58

125

592

1,145

2,468

N90 Contig Size

49

112

542

1,067

2,200

Largest Contig Size

84,390

84,390

84,390

84,390

84,390

 

- Illumina RNA Sequncing 결과

Input information

　

　

　

Region1

Region2

Total

raw data

Number Of Reads

 

 

122,736,242

122,736,242

245,472,484 

Number Of Bases

 

 

15,464,766,492

15,464,766,492

30,929,532,984 

error correction

Number Of Reads

 

 

121,738,700

121,211,274 

242,949,974 

Number Of Bases

 

 

15,038,386,396 

14,994,658,509 

30,033,044,905 

pair reads

Number Of Reads

 

 

 

 

 241,445,970

Number Of Bases

 

 

 

 

29,873,484,731 

single reads

Number Of Reads

 

 

 

 

  1,504,004

Number Of Bases

 

 

 

 

159,560,174

Assembly Results

Scaffold Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Scaffolds

156,950

156,950

26,043

9,897

2,401

Number Of Bases

54,556,885

54,556,885

28,788,025

17,640,506

7,420,349

Avg. Scaffold Size

347

347

1,105

1,782

3,090

N50 Scaffold Size

548

548

1,224

1,788

2,983

N80 Scaffold Size

187

187

711

1,246

2,287

N90 Scaffold Size

139

139

595

1,112

2,138

largest Scaffold Size

18,844

18,844

18,844

18,844

18,844

Contig Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Contigs

1,872,130

215,119

21,276

6,251

1,073

Number Of Bases

163,855,761

56,781,507

20,109,034

9,864,065

2,938,155

Avg. Contig Size

87

263

945

1,577

2,738

N50 Contig Size

91

317

984

1,550

2,618

N80 Contig Size

53

153

641

1,171

2,210

N90 Contig Size

47

127

564

1,081

2,089

Largest Contig Size

10,342

10,342

10,342

10,342

10,342

 

(1) 고품질 genomic DNA 채취 및 표본확보

 

검수용  샘플 DNA 농도 및 총 양, 확증표본 현황표

　Sample명

농도(ng/ul)

Volume(ul)

DNA 총량(ug)

O.D A260/280

확증표본

채집허가일

채집일

고운까막노래기

35

996

35

1.3

○

고유종

2014.7.2


(2) 유전체 서열확보 : 현재 20종 확보

Sample

구분

raw data size

trim data size

비고

고운까막노래기

DNA

36,526,557,312 

34,159,026,004 

　

RNA

30,929,532,984 

30,033,044,905 

　


(3) 기타분석

A. Genome Size estimation

샘 플 명

Kmer size

Kmer total

Pk depth

Genome_size

Coverage(X)

고운까막노래기

23

22,611,678,336

76

297,522,083 

97.4359

B. 반복서열


- 시퀀싱이 완료된 고운까막노래기 DNA 및 RNA의 contigs 중 1kb 이상의 contigs의 반복서열을 탐색(Left; Repeat masking results of DNA contigs, Right; Repeat masking results of RNA contigs).

sequences: 9,797

 

sequences: 6.251

total length: 16,613,261 bp (16,613,261 bp excl N/X-runs)

 

total length: 9,864,065 bp (9,864,065 bp excl N/X-runs)

GC level: 36.43%

 

GC level: 42.95%

bases masked: 10,066 bp (0.06%)

 

bases masked: 3,433 bp (0.03%)

 

number of

elements

length

occupied

percentage

of sequence

 

 

number of

elements

length

occupied

percentage

of sequence

SINEs:          

1

30 bp

0.00%

 

SINEs:          

0

0 bp

0.00%

 

ALUs      

0

0 bp

0.00%

 

 

ALUs      

0

0 bp

0.00%

 

MIRs      

0

0 bp

0.00%

 

 

MIRs      

0

0 bp

0.00%

LINEs:          

7

390 bp

0.00%

 

LINEs:          

4

214 bp

0.00%

 

LINE1     

1

58 bp

0.00%

 

 

LINE1     

0

0 bp

0.00%

 

LINE2     

0

0 bp

0.00%

 

 

LINE2     

0

0 bp

0.00%

 

L3/CR1    

2

153 bp

0.00%

 

 

L3/CR1    

3

157 bp

0.00%

LTR elements:   

4

450 bp

0.00%

 

LTR elements:   

4

252 bp

0.00%

 

ERVL      

0

0 bp

0.00%

 

 

ERVL      

0

0 bp

0.00%

 

ERVL-MaLRs

0

0 bp

0.00%

 

 

ERVL-MaLRs

0

0 bp

0.00%

 

ERV_classI 

0

0 bp

0.00%

 

 

ERV_classI 

1

47 bp

0.00%

 

ERV_classII

0

0 bp

0.00%

 

 

ERV_classII

0

0 bp

0.00%

DNA elements:   

15

3,152 bp

0.02%

 

DNA elements:   

10

1,495 bp

0.02%

 

hAT-Charlie 

5

1,155 bp

0.01%

 

 

hAT-Charlie 

5

829 bp

0.01%

 

TcMar-Tigger

5

1,329 bp

0.01%

 

 

TcMar-Tigger

1

52 bp

0.00%

Unclassified:   

0

0 bp

0.00%

 

Unclassified:   

1

188 bp

0.00%

Total interspersed repeats:

 

4,022 bp

0.02%

 

Total interspersed repeats:

 

2,149 bp

0.02%

Small RNA:

60

6,044 bp

0.04%

 

Small RNA:

14

1,284 bp

0.01%

Satellites:

0

0 bp

0.00%

 

Satellites:

0

0 bp

0.00%

Simple repeats:

0

0 bp

0.00%

 

Simple repeats:

0

0 bp

0.00%

Low complexity:

0

0 bp

0.00%

 

Low complexity:

0

0 bp

0.00%




D. Mito-genome Map


그림입니다. 원본 그림의 이름: 슬라이드6.JPG 원본 그림의 크기: 가로 960pixel, 세로 720pixel

(4) Microsatellite 후보군

A. SSR statistics

Motif(-mer)

2

3

4

5

6

7

8

9

10

Total

고운까막노래기

461

272

20

4

5

2

-

-

2

766


B. 바코드서열


없음.