염주알다슬기 (Koreanomelania nodifira)

그림입니다. 원본 그림의 이름: 20191125_233650.png 원본 그림의 크기: 가로 489pixel, 세로 590pixel

▣ 국    명: 염주알다슬기

▣ 학    명: Koreanomelania nodifira

▣ 지정번호: 멸종위기동물Ⅱ급

 ▣ 계    통: 복족강-흡강목-다슬기과

◎ 생김새 : 복족류에 속하며 껍데기가 염주 모양으로 생긴 데서 이름이 유래했다. 껍데기 높이 20mm, 지금 13mm이다. 서식지가 물살이 매우 빠른 곳이기 때문에 이런 환경에 적응하기 위하여 껍데기는 염주처럼 둥글고 매끄럽고 다른 다슬기에 비해 거의 2배 정도의 넓은 발을 갖는다. 껍데기 빛깔은 서식지에 따라 황록색?흑갈색?적갈색을 띤다. 3층의 나층을 가지고 있으며 각정은 없고 체층만 남아있는 것이 특징이다. 개체에 따라 체층에 7~8개의 나륵을 가지고 있는 경우도 있으며, 성장선이 뚜렷한 모양을 이루는 개체도 있다. 껍데기 주둥이는 크고 둥글고 체증 끝의 성장맥이 보인다.

◎ 서식지 : 수심이 약간 깊은 하천 상류의 유속이 빠른 지역에 서식하며 서식지에 따라 각피의 색이 황록색, 흑갈색, 적갈색 등을 띈다.

◎ 먹이 : 주로 녹조류나 플랑크톤, 물이끼 등을 먹고 산다.

◎ 번식 : 난생을 하며 수컷은 오른쪽 두족 부분에 산란홈이 있고 암컷은 발 부분에 산란홈을 갖는다. 번식기나 번식 행동에 대해 알려진 바는 없다.

◎ 분포 : 한국의 강원도?충청북도 등 중부지방에 분포한다. 문경군 마성면 구랑, 회양, 남한강, 북한강, 전라도에서 채집된다.


1) 채집정보

- 채집허가: 2014.06.30 / 5마리

- 채 집 자: 강원대학교 이준상


2) 채집현황 및 샘플처리

염주알다슬기 채집현황

샘플처리

채집일

개체 수

DNAseq

RNAseq

표본

2014.07.31

5 EA

2 EA

2 EA

1 EA, 70% EtOH


3) QC Data

샘플종

DNA QC

RNA QC

Result

Concentration (ug/ul)

Total Conc. (ug)

Concentration (ug/ul)

RIN (>7)

염주알다슬기

202.1

16.2

772.4

10

pass

4) 기존 NCBI Taxonomy 유전정보 현황

유전정보 종류

Koreanomelania 속 유전자원

Koreanomelania nodifira 유전자원

Nucleotide

32

31

Protein

16

15


5) Sequencing 분석 결과

- Illumina DNA Sequncing 결과

Input information

　

　

　

Region1

Region2

Total

raw data

Number Of Reads

 

 

152,042,627 

152,042,627 

304,085,254 

Number Of Bases

 

 

19,157,371,002 

19,157,371,002 

38,314,742,004 

error correction

Number Of Reads

 

 

148,380,867 

146,356,555 

294,737,422 

Number Of Bases

 

 

18,115,869,900 

17,747,931,613 

35,863,801,513 

pair reads

Number Of Reads

 

 

 

 

289,855,002 

Number Of Bases

 

 

 

 

35,336,376,873 

single reads

Number Of Reads

 

 

 

 

4,882,420 

Number Of Bases

 

 

 

 

527,424,640 

Assembly Results

Scaffold Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Scaffolds

1,532,046 

1,532,046 

435,275 

147,299 

26,307 

Number Of Bases

683,896,137 

683,896,137 

435,632,051 

234,861,268 

72,439,002 

Avg. Scaffold Size

446

446

1,000

1,594

2,753

N50 Scaffold Size

697

697

1,061

1,574

2,654

N80 Scaffold Size

302

302

652

1,182

2,201

N90 Scaffold Size

186

186

586

1,085

2,091

largest Scaffold Size

26,917  

26,917  

26,917  

26,917  

26,917  

Contig Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Contigs

39,252,622 

2,718,564 

265,405 

36,135 

3,108

Number Of Bases

2,186,714,551 

676,568,570 

201,823,280 

50,238,238 

8,267,642 

Avg. Contig Size

55

248

760

1,390

2,660

N50 Contig Size

55

317

736

1,321

2,515

N80 Contig Size

33

147

575

1,096

2,159

N90 Contig Size

32

118

535

1,044

2,077

Largest Contig Size

17,042  

17,042  

17,042  

17,042  

17,042  

 

- Illumina RNA Sequncing 결과

Input information

　

　

　

Region1

Region2

Total

raw data

Number Of Reads

 

 

154,130,822 

154,130,822 

308,261,644 

Number Of Bases

 

 

19,420,483,572 

19,420,483,572 

38,840,967,144 

error correction

Number Of Reads

 

 

151,145,649 

149,514,224 

300,659,873 

Number Of Bases

 

 

18,539,686,152 

18,323,040,456 

36,862,726,608 

pair reads

Number Of Reads

 

 

 

 

297,086,402 

Number Of Bases

 

 

 

 

36,488,385,842 

single reads

Number Of Reads

 

 

 

 

3,573,471 

Number Of Bases

 

 

 

 

374,340,766 

Assembly Results

Scaffold Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Scaffolds

        407,270

 407,270

 69,731

 27,341

    8,533  

Number Of Bases

150,948,261 

150,948,261 

83,308,077 

54,037,232 

28,212,304 

Avg. Scaffold Size

     370

    370

    1,194  

  1,976  

    3,306  

N50 Scaffold Size

     600

           600

      1,371  

        2,074  

       3,279  

N80 Scaffold Size

          206

         206

         738

        1,316  

        2,389  

N90 Scaffold Size

        143

           143

     607

   1,146  

     2,177  

largest Scaffold Size

     26,699  

  26,699

   26,699

    26,699

  26,699

Contig Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Contigs

7,163,882 

 558,193

  58,091

17,338 

3,891  

Number Of Bases

432,571,802 

150,408,573 

57,426,119 

29,705,264 

11,595,857 

Avg. Contig Size

         60

     269

 988

 1,713  

 2,980  

N50 Contig Size

   63

      344

   1,031  

  1,714  

2,896  

N80 Contig Size

   34

        151

          650

      1,209  

   2,271  

N90 Contig Size

    32

        120

          568

       1,096  

        2,129  

Largest Contig Size

       14,658  

      14,658

     14,658

     14,658

   14,658

나) 멸종위기종 동물 Genome Survey

검수용 샘플 DNA 농도 및 총 양, 확증표본 현황표

　Sample명

농도(ng/ul)

Volume(ul)

DNA 총량(ug)

O.D A260/280

확증표본

채집허가일

채집일

염주알다슬기

441

996

439

1.84

○

2014.6.30

2014.7.31


(2) 유전체 서열확보 : 현재 20종 확보

Sample

구분

raw data size

trim data size

비고

염주알다슬기

DNA

38,314,742,004 

35,863,801,513 

　

RNA

38,840,967,144 

36,862,726,608 

　


(3) 기타분석

A. Genome Size estimation

샘 플 명

Kmer size

Kmer total

Pk depth

Genome_size

Coverage(X)

염주알다슬기

23

23,718,649,812

9

2,635,405,534 

11.5385

B. 반복서열

- 시퀀싱이 완료된 염주알다슬기 DNA 및 RNA의 contigs 중 1kb 이상의 contigs의 반복서열을 탐색(Left; Repeat masking results of DNA contigs, Right; Repeat masking results of RNA contigs).

sequences: 36,135

 

sequences: 17,338

total length: 50,238,238 bp (50,238,238 bp excl N/X-runs)

 

total length: 29,705,264 bp (29,705,264 bp excl N/X-runs)

GC level: 43.77%

 

GC level: 49.48%

bases masked: 15,139 bp (0.03%)

 

bases masked: 5,847 bp (0.02%)

 

number of

elements

length

occupied

percentage

of sequence

 

 

number of

elements

length

occupied

percentage

of sequence

SINEs:          

12

829 bp

0.00%

 

SINEs:          

9

559 bp

0.00%

 

ALUs      

0

0 bp

0.00%

 

 

ALUs      

0

0 bp

0.00%

 

MIRs      

5

369 bp

0.00%

 

 

MIRs      

5

332 bp

0.00%

LINEs:          

80

7,265 bp

0.01%

 

LINEs:          

29

2,314 bp

0.01%

 

LINE1     

12

687 bp

0.00%

 

 

LINE1     

7

394 bp

0.00%

 

LINE2     

19

1,694 bp

0.00%

 

 

LINE2     

9

479 bp

0.00%

 

L3/CR1    

22

1,577 bp

0.00%

 

 

L3/CR1    

7

453 bp

0.00%

LTR elements:   

13

1,281 bp

0.01%

 

LTR elements:   

6

542 bp

0.00%

 

ERVL      

2

105 bp

0.00%

 

 

ERVL      

0

0 bp

0.00%

 

ERVL-MaLRs

0

0 bp

0.00%

 

 

ERVL-MaLRs

0

0 bp

0.00%

 

ERV_classI 

5

308 bp

0.00%

 

 

ERV_classI 

3

187 bp

0.00%

 

ERV_classII

1

77 bp

0.00%

 

 

ERV_classII

1

77 bp

0.00%

DNA elements:   

35

3,307 bp

0.01%

 

DNA elements:   

14

1,314 bp

0.00%

 

hAT-Charlie 

0

0 bp

0.00%

 

 

hAT-Charlie 

1

71 bp

0.00%

 

TcMar-Tigger

3

263 bp

0.00%

 

 

TcMar-Tigger

1

62 bp

0.00%

Unclassified:   

3

205 bp

0.00%

 

Unclassified:   

2

183 bp

0.00%

Total interspersed repeats:

 

12,887 bp

0.03%

 

Total interspersed repeats:

 

4,912 bp

0.02%

Small RNA:

35

2,118 bp

0.00%

 

Small RNA:

6

984 bp

0.00%

Satellites:

2

202 bp

0.00%

 

Satellites:

0

0 bp

0.00%

Simple repeats:

0

0 bp

0.00%

 

Simple repeats:

0

0 bp

0.00%

Low complexity:

0

0 bp

0.00%

 

Low complexity:

0

0 bp

0.00%



D. Mito-genome Map


그림입니다. 원본 그림의 이름: 슬라이드9.JPG 원본 그림의 크기: 가로 960pixel, 세로 720pixel

(4) Microsatellite 후보군

A. SSR statistics

Motif(-mer)

2

3

4

5

6

7

8

9

10

Total

염주알다슬기

7,340

1,503

507

71

11

-

-

-

-

9,432


B. 바코드서열

>염주알다슬기(Koreanomelania nodifira)

TACACTTTATATTTTATTTGGAATATGATCAGGACTAGTTGGAACTGCTTTAAGCCTTTT

AATTCGTGCAGAATTAGGGCAACCAGGAGCTTTACTTGGGGATGACCAATTATATAATGT

AATTGTTACAGCCCATGCTTTCGTTATAATTTTTTTCTTAGTTATGCCCATAATAATTGG

AGGTTTTGGTAATTGACTAATTCCTTTAATGCTCGGGGCACCAGATATAGCTTTCCCGCG

CTTAAATAATATAAGTTTTTGGCTTTTACCCCCAGCACTATTGCTTTTACTCTCTTCGGC

GGCTGTCGAAAGAGGTGTAGGAACAGGGTGAACTGTTTACCCCCCTTTATCGAGAAATCT

CGCTCACGCCGGTGGCTCTGTAGATTTAGCCATCTTCTCGCTTCACTTAGCAGGTGCTTC

CTCTATTTTAGGTGCTGTAAATTTCATTACAACTATTATTAATATACGATGACGAGGAAT

ACAGTTCGAACGACTTCCTTTATTTGTTTGATCTGTAAAAATTACCGCCATTCTTCTTTT

ACTTTCTTTGCCCGTTTTGGCAGGTGCTATTACCATATTATTAACAGATCGAAATTTTAA

CACGGCTTTCTTTGACCCAGCTGGAGGAGGGGATCCAATTCTTTATCAACATCTT



그림입니다.