북한산달팽이 (Koreanohadra (Fruticicola) kurodana)

그림입니다. 원본 그림의 이름: CLP000011500006.bmp 원본 그림의 크기: 가로 128pixel, 세로 122pixel

▣ 국    명: 북한산달팽이

▣ 학    명: Koreanohadra kurodana

▣ 지정번호: 고유종

▣ 계    통: 복족강-진유폐목-달팽이과

◎ 생김새 : 패각은 낮은 구형이고 낮은 원뿔형 나탑을 갖는다. 껍질은 단단하지만 두껍지는 않으며 체색은 연갈색이고 패각 아랫면 제공과 봉합 주변은 넓게 적갈색을 띤다. 체층 주연에는 밤색의 띠가 둘러져 있고, 이후 나층에는 봉합을 따라 좁은 띠로 나타난다. 패각 표면에는 촘촘하고 불규칙한 줄 모양의 성장맥이 나선을 따라 나타나지만 첫 번째 체층은 매끄럽다. 나층은 5.5층이고 비교적 잘 부풀어 있으며 각 나층은 규칙적으로 증가한다. 껍데기 높이는 21mm, 지름은 28.6mm이고 체층의 높이가 18.5mm로 껍데기 높이의 88%를 차지한다. 봉합은 비교적 깊은 편이며 각구는 비스듬하고 넓은 반달형이다. 각구 가장자리는 얇고 퍼지며 좁은 주름을 이루고 있다. 주연의 색은 갈색을 띠고 끝 부분은 색이 흐려지는데 각축 쪽으로는 백색이고 안으로 약간 말려있는 것이 특징이다.

◎ 서식지 : 숲 속에서 습기가 높은 관목림의 낙엽 밑이나 나무 위, 응달의 돌무덤에서 서식한다.

◎ 분포 : 한국 고유종으로 서울 근교 북한산이 모식산지이며 북한산, 강원도의 화천, 춘천, 태백 등지에 분


1) 채집정보

- 채집허가: (고유종)

- 채 집 자: 강원대학교 이준상


2) 채집현황 및 샘플처리

북한산달팽이 채집현황

샘플처리

채집일

개체 수

DNAseq

RNAseq

표본

2014.08.18

1 EA

1 EA (발)

1 EA (내장)

-


3) QC Data

샘플종

DNA QC

RNA QC

Result

Concentration (ug/ul)

Total Conc. (ug)

Concentration (ug/ul)

RIN (>7)

북한산달팽이

64.7

7.2

334

9.3

pass


4) 기존 NCBI Taxonomy 유전정보 현황

유전정보 종류

Fruticicola  속 유전자원

Koreanohadra (Fruticicola) kurodana 유전자원

Nucleotide

6

-

Protein

11

-


5) Sequencing 분석 결과

 - Illumina DNA Sequncing 결과

Input information

　

Region1

Region2

Region3

Region4

Total

raw data

Number Of Reads

108,229,227 

108,229,227 

14,331,684 

14,331,684 

245,121,822 

Number Of Bases

13,636,882,602 

13,636,882,602 

1,805,792,184 

1,805,792,184 

30,885,349,572 

error correction

Number Of Reads

100,857,277 

99,362,264 

8,460,465 

8,246,640 

216,926,646 

Number Of Bases

11,296,311,287 

11,007,202,026 

879,771,636 

844,177,937 

24,027,462,886 

pair reads

Number Of Reads

 

187,921,310 

 

13,248,500 

201,169,810 

Number Of Bases

 

21,088,225,854 

 

     1,419,839,398

22,508,065,252 

single reads

Number Of Reads

 

12,298,231 

 

 3,458,605

15,756,836 

Number Of Bases

 

1,215,287,459 

 

304,110,175 

1,519,397,634 

Assembly Results

Scaffold Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Scaffolds

2,435,419 

2,435,419 

233,347 

28,960 

799 

Number Of Bases

604,222,642 

604,222,642 

172,374,582 

36,718,333 

1,863,639 

Avg. Scaffold Size

248 

248 

738 

1,267 

2,332 

N50 Scaffold Size

305 

305 

726 

1,226 

2,264 

N80 Scaffold Size

150 

150 

573 

1,072 

2,073 

N90 Scaffold Size

124 

124 

534 

1,034 

2,031 

largest Scaffold Size

5,233 

5,233 

5,233 

5,233 

5,233 

Contig Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Contigs

26,870,604 

3,517,285 

42,066 

1,445 

48 

Number Of Bases

1,974,099,305 

649,678,319 

27,023,646 

1,774,873 

113,310 

Avg. Contig Size

73 

184 

642 

1,228 

2,360 

N50 Contig Size

68 

187 

619 

1,159 

2,227 

N80 Contig Size

48 

140 

537 

1,052 

2,078 

N90 Contig Size

46 

119 

517 

1,024 

2,039 

Largest Contig Size

4,234 

4,234 

4,234 

4,234 

4,234 

 

- Illumina RNA Sequncing 결과

Input information

　

Region1

Region2

Region3

Region4

Total

raw data

Number Of Reads

101,105,306 

101,105,306 

18,272,400 

18,272,400 

238,755,412 

Number Of Bases

12,739,268,556 

12,739,268,556 

2,302,322,400 

2,302,322,400 

30,083,181,912 

error correction

Number Of Reads

100,049,269 

99,293,551 

17,547,787 

17,386,199 

234,276,806 

Number Of Bases

12,388,781,146 

12,313,638,019 

2,142,140,358 

2,116,302,279 

28,960,861,802 

pair reads

Number Of Reads

 

197,750,080 

 

34,302,856 

232,052,936 

Number Of Bases

 

24,530,475,091 

 

     4,196,986,416

28,727,461,507 

single reads

Number Of Reads

 

1,592,740 

 

    631,130

2,223,870 

Number Of Bases

 

171,944,074 

 

        61,456,221

233,400,295 

Assembly Results

Scaffold Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Scaffolds

184,615 

184,615 

38,109 

13,565 

3,173 

Number Of Bases

72,355,633 

72,355,633 

40,396,365 

23,448,116 

9,328,171 

Avg. Scaffold Size

391 

391 

1,060 

1,728 

2,939 

N50 Scaffold Size

592 

592 

1,152 

1,744 

2,822 

N80 Scaffold Size

230 

230 

692 

1,227 

2,262 

N90 Scaffold Size

160 

160 

588 

1,105 

2,125 

largest Scaffold Size

16,779 

16,779 

16,779 

16,779 

16,779 

Contig Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Contigs

2,100,216 

251,317 

31,062 

8,752 

1,650 

Number Of Bases

187,572,963 

74,959,664 

29,323,557 

14,184,196 

4,617,538 

Avg. Contig Size

89 

298 

944 

1,620 

2,798 

N50 Contig Size

91 

371 

971 

1,609 

2,666 

N80 Contig Size

51 

176 

635 

1,190 

2,222 

N90 Contig Size

47 

142 

561 

1,090 

2,103 

Largest Contig Size

10,777 

10,777 

10,777 

10,777 

10,777 

 

(1) 고품질 genomic DNA 채취 및 표본확보

 

검수용  샘플 DNA 농도 및 총 양, 확증표본 현황표

　Sample명

농도(ng/ul)

Volume(ul)

DNA 총량(ug)

O.D A260/280

확증표본

채집허가일

채집일

북한산달팽이

1190

996

1185

1.92

X

고유종

2014.8.18


(2) 유전체 서열확보 : 현재 20종 확보

Sample

구분

raw data size

trim data size

비고

북산한달팽이

DNA

30,885,349,572

24,027,462,886

　

RNA

30,083,181,912

28,960,861,802

　


(3) 기타분석

A. Genome Size estimation

샘 플 명

Kmer size

Kmer total

Pk depth

Genome_size

Coverage(X)

북한산달팽이

23

16,883,759,412

3

5,627,919,804 

3.84615

B. 반복서열

- 시퀀싱이 완료된 북한산달팽이 DNA 및 RNA의 contigs 중 1kb 이상의 contigs의 반복서열을 탐색(Left; Repeat masking results of DNA contigs, Right; Repeat masking results of RNA contigs).

sequences: 1,485

 

sequences: 7,116

total length: 1,826,882 bp (1,826,882 bp excl N/X-runs)

 

total length: 11,689,382 bp (11,689,382 bp excl N/X-runs)

GC level: 40.45%

 

GC level: 45.61%

bases masked: 4,154 bp (0.23%)

 

bases masked: 4,385 bp (0.04%)

 

number of

elements

length

occupied

percentage

of sequence

 

 

number of

elements

length

occupied

percentage

of sequence

SINEs:          

1

82 bp

0.00%

 

SINEs:          

2

113 bp

0.00%

 

ALUs      

0

0 bp

0.00%

 

 

ALUs      

0

0 bp

0.00%

 

MIRs      

0

0 bp

0.00%

 

 

MIRs      

1

58 bp

0.00%

LINEs:          

7

1,657 bp

0.09%

 

LINEs:          

17

994 bp

0.01%

 

LINE1     

0

0 bp

0.00%

 

 

LINE1     

0

0 bp

0.00%

 

LINE2     

1

37 bp

0.00%

 

 

LINE2     

4

241 bp

0.00%

 

L3/CR1    

0

0 bp

0.00%

 

 

L3/CR1    

6

343 bp

0.00%

LTR elements:   

3

311 bp

0.02%

 

LTR elements:   

3

324 bp

0.00%

 

ERVL      

0

0 bp

0.00%

 

 

ERVL      

1

62 bp

0.00%

 

ERVL-MaLRs

0

0 bp

0.00%

 

 

ERVL-MaLRs

0

0 bp

0.00%

 

ERV_classI 

3

311 bp

0.02%

 

 

ERV_classI 

1

67 bp

0.00%

 

ERV_classII

0

0 bp

0.00%

 

 

ERV_classII

0

0 bp

0.00%

DNA elements:   

11

1,989 bp

0.11%

 

DNA elements:   

22

2,523 bp

0.02%

 

hAT-Charlie 

3

298 bp

0.02%

 

 

hAT-Charlie 

9

638 bp

0.01%

 

TcMar-Tigger

0

0 bp

0.01%

 

 

TcMar-Tigger

5

532 bp

0.00%

Unclassified:   

0

0 bp

0.00%

 

Unclassified:   

0

0 bp

0.00%

Total interspersed repeats:

 

4,039 bp

0.22%

 

Total interspersed repeats:

 

3,954 bp

0.03%

Small RNA:

1

115 bp

0.01%

 

Small RNA:

4

388 bp

0.00%

Satellites:

0

0 bp

0.00%

 

Satellites:

1

98 bp

0.00%

Simple repeats:

0

0 bp

0.00%

 

Simple repeats:

0

0 bp

0.00%

Low complexity:

0

0 bp

0.00%

 

Low complexity:

0

0 bp

0.00%



D. Mito-genome Map


그림입니다. 원본 그림의 이름: 슬라이드11.JPG 원본 그림의 크기: 가로 960pixel, 세로 720pixel

(4) Microsatellite 후보군

A. SSR statistics

Motif(-mer)

2

3

4

5

6

7

8

9

10

Total

북한산달팽이

429

200

39

4

1

-

-

-

-

673


B. 바코드서열

>북한산달팽이(Koreanohadra kurodana)

ATATAGAGTGGTTAGGCTTTATATATTTATAATATTTATTTTAGAGTAATAATGATATAA

TCATCTATTATTTCATAAAATTATTATTTTAATTTAAGTTATGTATATTATATGTGGTAC

TGTATACATTTAAACCTCCGTTGATAGTGTTTTCATAAGTACTGTTGTTAGACCTAGATA

ATGAATTCGGCAAGATTTTCTTCAACTGTTTATCAAAAACATAGCTGTATGGTTGTATAT

ACAGTTTTTTCTGCTCAATGAATATAAATAGCCGCAGTACCCTGACTGTGCAAAGGTAGC

ATAATCAGTTGGCTTATAATTGAAGTCTAGTATGAACGAAAGGATGGGAGTAAGCTATCT

AAGAATTGTATTGATAAATTACTTAATAAGTGAAAATTCTTATTTAAATATAATAGACGA

GAAGACCCTAGAAATTTTAAGTAATATTTAACTATTGGTTTTTGTTGGGGCGACACAGTA

GCACTATAAACCTACTAAGAAGGATATGATTACCTTAATATGTATAAATAAATTACTCTA

GGGATAACAGCATAATATTGTAAAGTTTGTGACCTCGATGTTGGACTAGGAA


Ezohelix gainesi : 북한산달팽이 taxomony 이 확인할수 없음

Ainohelix editha : 위의 종과 genus부터 다름


그림입니다.