맹꽁이 (Kaloula borealis)

◎ 생김새 : 몸의 길이가 4~5cm으로 몸통은 좌우로 팽대되어 있고 머리 부분은 짧아 몸 전체는 둥근 모양이다. 등에 작은 융기가 산재하고 황색 바탕에 청색을 띤다. 머리 부분에 검은색의 대리석 무늬가 있으며, 가슴과 몸통 뒤 끝에 이르는 부분에 검은색 얼룩 무늬가 있다. 등면에 있는 작은 융기 주위는 검은색으로 둘러싸여 있다. 배면을 이루는 바탕색은 황색이며 앙 옆에 연한 검은색을 띤 대리석 모양의 얼룩 무늬가 있고 주둥이는 짧고 작으며 앞 끝이 약간 둔하면서 뾰족하게 돌출되어 있는 것이 특징이다. 울음주머니는 아래턱 앞쪽 끝에 1개가 있으며 아래 위 턱에 이가 없다. 물갈퀴는 발달하지 않고 깊게 패어 있다.

◎ 서식지 : 연중 땅 속에 서식하며, 야간에 땅 위로 나와 포식활동을 하고 6월 경의 우기에 물가에 모여 산란한다.

◎ 번식 : 대개 6월경의 우기에 산란하며 1회에 15~20개의 알을 15~20회에 걸쳐 낳는다.

◎ 분포 : 한국과 중국 북동부 지방에 분포한다. 과거 도시 근교와 농촌 등지 어느 곳에도 장마철이 되면 많이 발견되었으나 도시가 확장디고 농지의 개량으로 논둑 및 웅덩이가 없어지고 농약 살포 등의 원인으로 급격히 감소하고 있다.


1) 채집정보

- 채집허가: 2014.07.17 / 3마리

- 채 집 자: 서울대학교 민미숙

그림입니다. 원본 그림의 이름: 20191125_232858.png 원본 그림의 크기: 가로 899pixel, 세로 724pixel

▣ 국    명: 맹꽁이

▣ 영    명: Narrow-mouth frog

▣ 학    명: Kaloula borealis

▣ 지정번호: 멸종위기야생동물II급

 ▣ 계    통: 양서강-무미목-맹꽁이과

2) 채집현황 및 샘플처리

맹꽁이 채집현황

샘플처리

채집일

개체 수

DNAseq

RNAseq

표본

2014.07.31

2 EA

2 EA (몸통)

2 EA (내장)

-

3) QC Data

샘플종

DNA QC

RNA QC

Result

Concentration (ug/ul)

Total Conc. (ug)

Concentration (ug/ul)

RIN (>7)

맹꽁이

87.9

14.6

631.3

8.1

pass

4) 기존 NCBI Taxonomy 유전정보 현황

유전정보 종류

Kaloula 속 유전자원

Kaloula borealis 유전자원

Nucleotide

39,199

70

Protein

610

43

Genome

4

1

Gene

100

13


5) Sequencing 분석 결과

- Illumina DNA Sequncing 결과

Input information

　

　

　

Region1

Region2

Total

raw data

Number Of Reads

 

 

173,419,798 

173,419,798 

346,839,596 

Number Of Bases

 

 

21,850,894,548 

21,850,894,548 

43,701,789,096 

error correction

Number Of Reads

 

 

169,623,481 

167,169,797 

336,793,278 

Number Of Bases

 

 

20,377,465,874 

19,936,253,896 

40,313,719,770 

pair reads

Number Of Reads

 

 

 

 

328,950,756 

Number Of Bases

 

 

 

 

39,477,136,052 

single reads

Number Of Reads

 

 

 

 

7,842,522 

Number Of Bases

 

 

 

 

836,583,718 

Assembly Results

Scaffold Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Scaffolds

2,308,228 

2,308,228 

841,357 

371,618 

93,058 

Number Of Bases

1,307,509,700 

1,307,509,700 

980,113,066 

646,613,411 

264,134,285 

Avg. Scaffold Size

566 

566 

1,164 

1,739 

2,838 

N50 Scaffold Size

987 

987 

1,311 

1,775 

2,768 

N80 Scaffold Size

412 

412 

776 

1,251 

2,247 

N90 Scaffold Size

234 

234 

634 

1,118 

2,117 

largest Scaffold Size

23,339 

23,339 

23,339 

23,339 

23,339 

Contig Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Contigs

45,069,584 

4,848,870 

616,552 

117,044 

7,397 

Number Of Bases

2,991,458,956 

1,336,812,483 

496,257,814 

157,996,323 

17,902,981 

Avg. Contig Size

66 

275 

804 

1,349 

2,420 

N50 Contig Size

73 

364 

803 

1,305 

2,330 

N80 Contig Size

34 

163 

598 

1,097 

2,107 

N90 Contig Size

32 

125 

546 

1,046 

2,049 

Largest Contig Size

11,758 

11,758 

11,758 

11,758 

11,758 

 

 - Illumina RNA Sequncing 결과

Input information

　

　

　

Region1

Region2

Total

raw data

Number Of Reads

 

 

143,579,255 

143,579,255 

287,158,510 

Number Of Bases

 

 

18,090,986,130 

18,090,986,130 

36,181,972,260 

error correction

Number Of Reads

 

 

141,101,937 

139,782,733 

280,884,670 

Number Of Bases

 

 

17,477,510,793 

17,277,276,722 

34,754,787,515 

pair reads

Number Of Reads

 

 

 

 

278,191,056 

Number Of Bases

 

 

 

 

34,468,254,943 

single reads

Number Of Reads

 

 

 

 

2,693,614 

Number Of Bases

 

 

 

 

286,532,572 

Assembly Results

Scaffold Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Scaffolds

235,314 

235,314 

43,886 

18,182 

5,896 

Number Of Bases

93,094,170 

93,094,170 

53,961,086 

36,194,926 

19,288,256 

Avg. Scaffold Size

395 

395 

1,229 

1,990 

3,271 

N50 Scaffold Size

664 

664 

1,447 

2,114 

3,247 

N80 Scaffold Size

222 

222 

759 

1,336 

2,400 

N90 Scaffold Size

151 

151 

615 

1,152 

2,184 

largest Scaffold Size

20,489 

20,489 

20,489 

20,489 

20,489 

Contig Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Contigs

3,386,216 

320,168 

39,653 

13,055 

2,755 

Number Of Bases

226,095,795 

93,751,151 

39,980,565 

21,724,704 

7,825,771 

Avg. Contig Size

66 

292 

1,008 

1,664 

2,840 

N50 Contig Size

63 

394 

1,074 

1,663 

2,771 

N80 Contig Size

35 

164 

668 

1,201 

2,232 

N90 Contig Size

32 

127 

577 

1,094 

2,113 

Largest Contig Size

20,489 

20,489 

20,489 

20,489 

20,489 

(2) 유전체 서열확보 : 현재 20종 확보

Sample

구분

raw data size

trim data size

비고

맹꽁이

DNA

43,701,789,096 

40,313,719,770 

　

RNA

36,181,972,260 

34,754,787,515 

　


(3) 기타분석

A. Genome Size estimation

샘 플 명

Kmer size

Kmer total

Pk depth

Genome_size

Coverage(X)

맹꽁이

23

27,053,488,488

7

3,864,784,069 

8.97436



B. 반복서열

-  시퀀싱이 완료된 맹꽁이 DNA 및 RNA의 contigs 중 1kb 이상의 contigs의 반복서열을 탐색(Left; Repeat masking results of DNA contigs, Right; Repeat masking results of RNA contigs).

sequences: 117,044

 

sequences: 13.055

total length: 157,996,323 bp (157,996,323 bp excl N/X-runs)

 

total length: 21,724,704 bp (21,724,704 bp excl  N/X-runs)

GClevel: 42.51 %

 

GC level: 45.77%

bases masked: 241,819 bp ( 0.15%)

 

bases masked: 17,888 bp ( 0.08 %)

 

numberof

elements

length

occupied

percentage

of sequence

 

 

numberof

elements

length

occupied

percentage

of sequence

SINEs:          

35

2,405 bp

0.00%

 

SINEs:          

0

0 bp

0.00%

 

ALUs      

0

0 bp

0.00%

 

 

ALUs      

0

0 bp

0.00%

 

MIRs      

13

590 bp

0.00%

 

 

MIRs      

0

0 bp

0.00%

LINEs:          

978

125,927 bp

0.08%

 

LINEs:          

48

6,260 bp

0.03%

 

LINE1     

157

14,627 bp

0.01%

 

 

LINE1     

10

619 bp

0.00%

 

LINE2     

288

53,754 bp

0.03%

 

 

LINE2     

12

2,708 bp

0.01%

 

L3/CR1    

487

54,203 bp

0.03%

 

 

L3/CR1    

22

2,658 bp

0.01%

LTRelements:   

243

58,177 bp

0.04%

 

LTRelements:   

20

6,232 bp

0.03%

 

ERVL      

24

4,921 bp

0.00%

 

 

ERVL      

2

826 bp

0.00%

 

ERVL-MaLRs

7

425 bp

0.00%

 

 

ERVL-MaLRs

3

138 bp

0.00%

 

ERV_classI 

42

5,859 bp

0.00%

 

 

ERV_classI 

8

1,369 bp

0.01%

 

ERV_classII

4

224 bp

0.00%

 

 

ERV_classII

1

118 bp

0.00%

DNAelements:   

496

40,757 bp

0.03%

 

DNAelements:   

25

3,433 bp

0.02%

 

hAT-Charlie 

99

6,093 bp

0.00%

 

 

hAT-Charlie 

8

525 bp

0.00%

 

TcMar-Tigger

159

13,641 bp

0.01%

 

 

TcMar-Tigger

5

340 bp

0.00%

Unclassified:   

31

2,900 bp

0.00%

 

Unclassified:   

1

51 bp

0.00%

Total interspersed repeats:

 

230,166 bp

0.15%

 

Total interspersed repeats:

 

15,976 bp

0.07%

Small RNA:

175

12,965 bp

0.01%

 

Small RNA:

4

1,912 bp

0.01%

Satellites:

2

86 bp

0.00%

 

Satellites:

0

0 bp

0.00%

Simple repeats:

0

0 bp

0.00%

 

Simple repeats:

0

0 bp

0.00%

Low complexity:

0

0 bp

0.00%

 

Low complexity:

0

0 bp

0.00%


D. Mito-genome Map

그림입니다. 원본 그림의 이름: 슬라이드2.JPG 원본 그림의 크기: 가로 960pixel, 세로 720pixel


4) Microsatellite 후보군

A. SSR statistics

Motif(-mer)

2

3

4

5

6

7

8

9

10

Total

맹꽁이

9,671

1,324

477

64

5

-

-

-

-

11,541


B. 바코드서열


>맹꽁이(Kaloula borealis)

GGAATAGTAGGTACGGCTCTGAGCCTTCTCATTCGTGCCGAACTAAGCCAACCAGGAGCA

CTCCTAGGTGATGACCAAATTTATAATGTTATCGTTACTGCTCACGCCTTCGTAATAATT

TTCTTCATAGTTATACCCGTTATAATTGGTGGTTTTGGAAATTGACTTGTTCCCCTAATA

ATTGGAGCCCCAGACATAGCCTTCCCACGAATAAATAACATAAGCTTTTGACTTCTACCA

CCATCCTTTCTTCTTCTTTTGGCCTCATCAGCTGTAGAAGCCGGAGCCGGAACCGGCTGA

ACTGTCTACCCACCATTAGCCGGCAACCTGGCCCACGCCGGACCATCAGTTGATCTAACT

ATTTTTTCACTCCACCTGGCAGGGGTCTCTTCAATTCTTGGGGCAATTAATTTTATTACA

ACCATTTTAAATATAAAACCCCCATCAGTAACCCAATACCAAACACCCCTATTCGTCTGA

TCCGTTTTAATTACAGCTGTCCTTCTTCTTCTTTCACTCCCAGTTCTGGCAGCAGGAATT

ACAATACTGCTGACAGATCGAAACCTAAACACAACATTTTTTGACCCTGCTGGCGGTGGC


그림입니다.