왕은점표범나비 (Fabriciana nerippe)


그림입니다. 원본 그림의 이름: 20191125_231819.png 원본 그림의 크기: 가로 761pixel, 세로 504pixel

▣ 국    명: 왕은점표범나비

▣ 학    명: Fabriciana nerippe

▣ 지정번호: 멸종위기동물II급

▣ 계    통: 곤충강-나비목-네발나비과

  

◎ 생김새 : 표범나비류 가운데 중간 크기의 종으로 날개 편 길이는 60~70mm, 앞날개의 길이는 32~44mm이다. 날개 아래쪽에는 은색 무늬의 변이가 다양하게 나타나고 있다. 수컷은 앞날개 윗면에 검은색 줄무늬가 있다. 암컷이 수컷보다 날개 바탕색이 진하며, 날개 아랫면의 은색 무늬도 크고 선명하다. 암컷은 수컷에 비하여 약간 크며 날개의 폭도 약간 넓다. 날개는 주황색으로 검정무늬가 있으며 바깥가두리를 따라 줄지은 무늬의 안쪽은 V자 모양이다. 은점표범나비와 비슷하지만 뒷 날개 뒷면 바깥 가장자리의 산모양의 2개의 은빛 무늬와 수컷 앞날개의 검은색의 1개의 비늘줄로 구별이 가능하다. 

◎ 서식지 : 주로 풀밭에서 생활하며, 큰까치수영?엉겅퀴?솔체꽃에 잘 모인다.

◎ 먹이 : 유충은 몇 종의 제비꽃을 먹는다.

◎ 번식 : 1년에 1회 번식하며 따뜻한 곳에서는 5월 하순경부터, 추운 곳에서는 7월 중순경부터 번식힌다.

◎ 분포 : 한국?일본?중국 ?티베트 등지에 분포하며 한반도에는 국지적 분포를 하는 종이다. 내륙 지역에서는 개체밀도가 낮지만 서해안 도서 또는 해안가 지역에서는 자주 관찰된다.


1) 채집정보

- 채집허가: 2014.06.30 / 5마리 ,  2014.07.17 / 5마리

- 채 집 자: 빛고을생태연구소 정헌천


2) 채집현황 및 샘플처리

왕은점표범나비 채집현황

샘플처리

채집일

개체 수

DNAseq

RNAseq

표본

2014.07.31

5 EA

2 EA (몸통)

2 EA (내장)

1


3) QC Data

샘플종

DNA QC

RNA QC

Result

Concentration (ug/ul)

Total Conc. (ug)

Concentration (ug/ul)

RIN (>7)

왕은점표범나비

112.2

9

430

9

pass

4) 기존 NCBI Taxonomy 유전정보 현황

유전정보 종류

Fabriciana 속 유전자원

Fabriciana nerippe 유전자원 

Nucleotide

342

17

Protein

364

41

Genome

1

1

Gene

13

13


5) Sequencing 분석 결과

 - Illumina DNA Sequncing 결과

Input information

　

　

　

Region1

Region2

Total

raw data

Number Of Reads

 

 

131,791,213

131,791,213

263,582,426

Number Of Bases

 

 

16,605,692,838

16,605,692,838

33,211,385,676

error correction

Number Of Reads

 

 

129,324,855

128,180,861

257,505,716

Number Of Bases

 

 

15,671,819,041

15,486,758,524

31,158,577,565

pair reads

Number Of Reads

 

 

 

 

253,514,024

Number Of Bases

 

 

 

 

30,721,169,467

single reads

Number Of Reads

 

 

 

 

3,991,692

Number Of Bases

 

 

 

 

437,408,098

Assembly Results

Scaffold Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Scaffolds

1,200,140

1,200,140

123,730

35,098

7,254

Number Of Bases

319,513,086

319,513,086

118,949,468

58,871,980

21,680,288 

Avg. Scaffold Size

266

266

961

1,677 

2,988

N50 Scaffold Size

343

343

991

1,655

2,914

N80 Scaffold Size

151

151

638

1,195

2,268

N90 Scaffold Size

113

113

562

1,089

2,127

largest Scaffold Size

15,105

15,105

15,105

15,105

15,105

Contig Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Contigs

37,187,522

1,659,289

42,597

6,912

887

Number Of Bases

1,852,466,098 

294,652,114

33,513,754

10,296,573

2,455,281

Avg. Contig Size

49

177

786

1,489

2,768

N50 Contig Size

49

176

755

1,432

2,616

N80 Contig Size

33

117

570

1,126

2,193

N90 Contig Size

32

107

531

1,057

2,085

Largest Contig Size

14,052

14,052

14,052

14,052

14,052

 

 - Illumina RNA Sequncing 결과

Input information

　

Region1

Region2

Region3

Region4

Total

raw data

Number Of Reads

114,245,854 

114,245,854 

8,243,719 

8,243,719 

244,979,146 

Number Of Bases

14,394,977,604 

14,394,977,604 

1,038,708,594 

1,038,708,594 

30,867,372,396 

error correction

Number Of Reads

113,432,927 

112,934,549 

7,974,934 

7,909,590 

242,252,000 

Number Of Bases

14,112,009,603 

14,042,313,816 

979,327,170 

970,044,051 

30,103,694,640 

pair reads

Number Of Reads

 

225,107,458 

 

15,639,746 

240,747,204 

Number Of Bases

 

28,016,607,118 

 

1,924,750,456 

29,941,357,574 

single reads

Number Of Reads

 

1,260,018 

 

    244,778

1,504,796 

Number Of Bases

 

137,716,301 

 

  24,620,765

162,337,066 

Assembly Results

Scaffold Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Scaffolds

146,801 

146,801 

11,040 

2,633 

474 

Number Of Bases

35,154,884 

35,154,884 

9,871,862 

4,231,016 

1,380,734 

Avg. Scaffold Size

239 

239 

894 

1,606 

2,912 

N50 Scaffold Size

273 

273 

891 

1,558 

2,765 

N80 Scaffold Size

144 

144 

613 

1,166 

2,245 

N90 Scaffold Size

119 

119 

551 

1,075 

2,129 

largest Scaffold Size

9,682 

9,682 

9,682 

9,682 

9,682 

Contig Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Contigs

2,159,331 

181,835 

7,226 

1,149 

103 

Number Of Bases

161,982,194 

36,395,092 

5,643,108 

1,638,502 

281,509 

Avg. Contig Size

75 

200 

780 

1,426 

2,733 

N50 Contig Size

78 

205 

756 

1,369 

2,687 

N80 Contig Size

51 

133 

577 

1,113 

2,206 

N90 Contig Size

47 

114 

535 

1,056 

2,096 

Largest Contig Size

5,454 

5,454 

5,454 

5,454 

5,454 

 

(1) 고품질 genomic DNA 채취 및 표본확보

 

검수용  샘플 DNA 농도 및 총 양, 확증표본 현황표

　Sample명

농도(ng/ul)

Volume(ul)

DNA 총량(ug)

O.D A260/280

확증표본

채집허가일

채집일

왕은점표범나비

388

996

386

1.83

○

2014.7.17

2014.7.31



(2) 유전체 서열확보 : 현재 20종 확보

Sample

구분

raw data size

trim data size

비고

왕은점표범나비

DNA

33,211,385,676 

31,158,577,565 

　

RNA

30,867,372,396

30,103,694,640

　


(3) 기타분석

A. Genome Size estimation

샘 플 명

Kmer size

Kmer total

Pk depth

Genome_size

Coverage(X)

왕은점표범나비

23

20,559,429,228

176

116,814,938 

225.641



B. 반복서열


- 시퀀싱이 완료된 왕은점표범나비 DNA 및 RNA의 contigs 중 1kb 이상의 contigs의 반복서열을 탐색(Left; Repeat masking results of DNA contigs, Right; Repeat masking results of RNA contigs).

sequences: 6,912

 

sequences: 1,240

total length: 10,296,573 bp (10,296,573 bp excl N/X-runs)

 

total length: 1,779,522bp (1,779,522 bp excl N/X-runs)

GC level: 34.62%

 

GC level: 42.40%

bases masked: 4,522 bp (0.04%)

 

bases masked: 2,763 bp (0.16%)

 

number of

elements

length

occupied

percentage

of sequence

 

 

number of

elements

length

occupied

percentage

of sequence

SINEs:          

0

0 bp

0.00%

 

SINEs:          

0

0 bp

0.00%

 

ALUs      

0

0 bp

0.00%

 

 

ALUs      

0

0 bp

0.00%

 

MIRs      

0

0 bp

0.00%

 

 

MIRs      

0

0 bp

0.00%

LINEs:          

4

434 bp

0.00%

 

LINEs:          

7

464 bp

0.03%

 

LINE1     

1

55 bp

0.00%

 

 

LINE1     

0

0 bp

0.00%

 

LINE2     

0

0 bp

0.00%

 

 

LINE2     

1

102 bp

0.01%

 

L3/CR1    

1

38 bp

0.00%

 

 

L3/CR1    

4

210 bp

0.01%

LTR elements:   

4

342 bp

0.00%

 

LTR elements:   

3

426 bp

0.02%

 

ERVL      

1

81 bp

0.00%

 

 

ERVL      

0

0 bp

0.00%

 

ERVL-MaLRs

0

0 bp

0.00%

 

 

ERVL-MaLRs

0

0 bp

0.00%

 

ERV_classI 

0

0 bp

0.00%

 

 

ERV_classI 

0

0 bp

0.00%

 

ERV_classII

0

0 bp

0.00%

 

 

ERV_classII

0

0 bp

0.00%

DNA elements:   

14

3,221 bp

0.03%

 

DNA elements:   

6

1,083 bp

0.06%

 

hAT-Charlie 

7

1,743 bp

0.02%

 

 

hAT-Charlie 

1

115 bp

0.01%

 

TcMar-Tigger

1

90 bp

0.00%

 

 

TcMar-Tigger

0

0 bp

0.00%

Unclassified:   

1

41 bp

0.00%

 

Unclassified:   

0

0 bp

0.00%

Total interspersed repeats:

 

4,068 bp

0.04%

 

Total interspersed repeats:

 

1,973 bp

0.11%

Small RNA:

7

454 bp

0.00%

 

Small RNA:

3

790 bp

0.04%

Satellites:

0

0 bp

0.00%

 

Satellites:

0

0 bp

0.00%

Simple repeats:

0

0 bp

0.00%

 

Simple repeats:

0

0 bp

0.00%

Low complexity:

0

0 bp

0.00%

 

Low complexity:

0

0 bp

0.00%



D. Mito-genome Map


그림입니다. 원본 그림의 이름: 슬라이드4.JPG 원본 그림의 크기: 가로 960pixel, 세로 720pixel

(4) Microsatellite 후보군

A. SSR statistics

Motif(-mer)

2

3

4

5

6

7

8

9

10

Total

왕은점표범나비

477

129

4

-

-

-

-

-

-

610


B. 바코드서열

>왕은점표범나비(Fabriciana nerippe)

TTTAATTTTTCTATCACCCCAACAAAATAATATTAATTAATTTTAATTTATATTTATATA

TTTAATTTTAATTATTAATATTATAAAACTCTATAGGGTCTTCTCGTCTTTTAAATAAAT

TTTAGCTTTTTAACTAAAAAATTAATTTTTATTAATAATTTAGAGACAGTTTATATTTCA

TCAAATCTTTCATACAAGTCTTCAATTAAAAGACTAATGATTATGCTACCTTTGTACAGT

CAATATACTGCAGCCCTTTAATTTTTAATCAGTGGGCAGATTAGACTTTAAATTATTTTC

TAAAAGACATGTTTTTGATAAACAAGTGAATATAAATTTTTGCCGAATTCCTTTAAATTA

ATTTCAATTTATATTTTATATTTTTAATTAATAATATACTAATTTTATCATTATTTCTAT

TTTTTTATTATTAAAAAATATTTTTTTATAAAAAATTAAATAATATTTTAAATTTTATTT

AATATAAAATTTTTTTTAACAAACTATAATTTTTAAACAATATAAATTTTAAAAATTTTA

TTAATATTTATTTTTATTATAAATATTTAAATTAAAGCTTATCCCTTAAAATATTTAATT

TTAAAATTTTATATTTAATTAATTAAATATAAA


그림입니다.