대추귀고둥 (Ellobium chinense)

그림입니다. 원본 그림의 이름: 20191125_231358.png 원본 그림의 크기: 가로 879pixel, 세로 665pixel

▣ 국    명: 대추귀고둥

▣ 학    명: Ellobium chinense

▣ 지정번호: 멸종위기동물 II급

▣ 계    통: 복족강-진유폐목-대추귀고둥과

◎ 생김새 : 껍데기 높이 34mm, 지름 17mm로 껍데기는 대추모양이고 나탑은 원뿔 모양이며 크기가 작은 편이다. 체층이 큰 편이라 껍데기 높이의 4/5에 이른다. 껍데기 주둥이도 커서 껍데기 높이의 약 2/3에 달한다. 껍데기는 갈색의 각피로 덮여 있고 오래된 개체는 흑갈색을 띠며 두꺼운 편이다. 굵고 거친 성장맥이 체층과 다른 층에도 세로로 나있다. 각정에서 체층 둘레의 가장자리까지 성장맥과 나상맥이 교차하며 둘레의 가장자리 아래에서 각저까지는 나상맥이 없고 성장맥만 보이는 특징이 있다. 각정은 둥글고 봉합은 얕다. 체층은 커서 각고의 대부분을 차지고 있으며 각구는 긴 난형으로 외순 아래와 저순은 두껍고 축순에는 강한 주름이 3개 나타난다. 껍데기 주둥이는 좁고 아래위로 긴 반면, 항문이 있는 쪽은 좁고 앞쪽이 둥글며 넓다. 주둥이의 안쪽 입술은 흰색이고 축순에 이빨 모양의 돌기가 1개 있다.

◎ 서식지 : 담수가 들어오는 만조선 부근의 갯벌에서 서식한다.

◎ 연구의 필요성 : 분포지가 좁고 개체수가 줄어들고 있다.

◎ 분포 : 한국의 서해안에 분포한다. 최근 전북 부안?고창의 갯벌 습지 보호지역에서 대규모 서식지가



1) 채집정보

- 채집허가: 2014.07.10 / 2마리

- 채 집 자: 강원대학교 이준상


2) 채집현황 및 샘플처리

대추귀고둥 채집현황

샘플처리

채집일

개체 수

DNAseq

RNAseq

표본

2014.07.19

2 EA

1 EA (발)

1 EA (내장)

1 EA, 70% EtOH


3) QC Data

샘플종

DNA QC

RNA QC

Result

Concentration (ug/ul)

Total Conc. (ug)

Concentration (ug/ul)

RIN (>7)

대추귀고둥

89

8.9

217

8.1

pass


4) 기존 NCBI Taxonomy 유전정보 현황

유전정보 종류

Ellobium 속 유전자원

Ellobium chinense 유전자원 

Nucleotide

71

55

Protein

58

53

Genome

1

1

Gene

36

36


5) Sequencing 분석 결과

- Illumina DNA Sequncing 결과

Input information

　

　

　

Region1

Region2

Total

raw data

Number Of Reads

 

 

162,495,135

162,495,135

324,990,270

Number Of Bases

 

 

20,474,387,010

20,474,387,010

40,948,774,020

error correction

Number Of Reads

 

 

159,557,247

158,218,822

317,776,069

Number Of Bases

 

 

19,066,663,522

18,808,352,212

37,875,015,734

pair reads

Number Of Reads

 

 

 

 

312,254,234

Number Of Bases

 

 

 

 

37,301,833,970

single reads

Number Of Reads

 

 

 

 

5,521,835

Number Of Bases

 

 

 

 

573,181,764

Assembly Results

Scaffold Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Scaffolds

1,439,070

1,439,070

339,344

172,177

70,402

Number Of Bases

745,465,349

745,465,349

533,106,500

415,436,352

273,549,102

Avg. Scaffold Size

518

518

1,570

2,412

3,885

N50 Scaffold Size

1,243

1,243

2,069

2,752

4,027

N80 Scaffold Size

313

313

944

1,513

2,605

N90 Scaffold Size

167

167

701

1,235

2,278

largest Scaffold Size

57,718

57,718

57,718

57,718

57,718

Contig Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Contigs

28,474,636

3,007,112

258,968

57,742

8,876

Number Of Bases

1,909,388,162

728,864,744

224,348,524

89,196,096

24,896,163

Avg. Contig Size

67

242

866

1,544

2,804

N50 Contig Size

68

294

860

1,499

2,683

N80 Contig Size

37

140

606

1,147

2,214

N90 Contig Size

33

116

548

1,067

2,095

Largest Contig Size

20,791

20,791

20,791

20,791

20,791

 

 - Illumina RNA Sequncing 결과

Input information

　

　

　

Region1

Region2

Total

raw data

Number Of Reads

 

 

176,364,760

176,364,760

352,729,520

Number Of Bases

 

 

22,221,959,760

22,221,959,760

44,443,919,520

error correction

Number Of Reads

 

 

174,563,243

173,659,337

348,222,580

Number Of Bases

 

 

21,671,483,873

21,539,553,316

43,211,037,189

pair reads

Number Of Reads

 

 

 

 

345,939,822

Number Of Bases

 

 

 

 

42,962,620,927

single reads

Number Of Reads

 

 

 

 

2,282,758

Number Of Bases

 

 

 

 

248,416,262

Assembly Results

Scaffold Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Scaffolds

276,425

276,425

43,438

16,772

5,207

Number Of Bases

97,411,093

97,411,093

51,367,430

32,994,673

17,102,164

Avg. Scaffold Size

352

352

1,182

1,967

3,284

N50 Scaffold Size

550

550

1,355

2,061

3,239

N80 Scaffold Size

195

195

731

1,314

2,393

N90 Scaffold Size

136

136

602

1,146

2,177

largest Scaffold Size

21,046

21,046

21,046

21,046

21,046

Contig Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Contigs

5,047,910

395,995

33,414

8,260

1,351

Number Of Bases

312,839,041

96,828,979

29,937,370

12,977,658

3,814,708

Avg. Contig Size

61

244

895

1,571

2,823

N50 Contig Size

63

289

902

1,527

2,680

N80 Contig Size

37

143

617

1,161

2,221

N90 Contig Size

33

117

553

1,074

2,110

Largest Contig Size

16,764

16,764

16,764

16,764

16,764

나) 멸종위기종 동물 Genome Survey

 

검수용 샘플 DNA 농도 및 총 양, 확증표본 현황표

　Sample명

농도(ng/ul)

Volume(ul)

DNA 총량(ug)

O.D A260/280

확증표본

채집허가일

채집일

대추귀고둥

392

996

390

1.83

○

2014.7.10

2014.7.19


(2) 유전체 서열확보 : 현재 20종 확보

Sample

구분

raw data size

trim data size

비고

대추귀고둥

DNA

40,948,774,020 

37,875,015,734 

　

RNA

44,443,919,520 

43,211,037,189 

　


(3) 기타분석

A. Genome Size estimation

샘 플 명

Kmer size

Kmer total

Pk depth

Genome_size

Coverage(X)

대추귀고둥

23

25,349,241,060

163

155,516,816 

208.974

B. 반복서열

-  시퀀싱이 완료된 대추귀고둥 DNA 및 RNA의 contigs 중 1kb 이상의 contigs의 반복서열을 탐색(Left; Repeat masking results of DNA contigs, Right; Repeat masking results of RNA contigs).

sequences:  57,742

 

sequences:  8,260

totallength:89,196,096bp  (89,196,096 bp excl N/X-runs)

 

totallength:12,977,658bp  (12,977,658 bp excl N/X-runs)

GC level: 38.74 %

 

GC level: 43.57 %

bases masked: 22,231 bp (  0.02 %)

 

bases masked: 3,972 bp ( 0.03  %)

 

numberof

elements

length

occupied

percentage

of sequence

 

 

numberof

elements

length

occupied

percentage

of sequence

SINEs:          

70

5,749 bp

0.01%

 

SINEs:          

6

389 bp

0.00%

 

ALUs      

0

0 bp

0.00%

 

 

ALUs      

0

0 bp

0.00%

 

MIRs      

39

3,652 bp

0.00%

 

 

MIRs      

4

303 bp

0.00%

LINEs:          

83

6,670 bp

0.01%

 

LINEs:          

20

1,481 bp

0.01%

 

LINE1     

10

582 bp

0.00%

 

 

LINE1     

6

572 bp

0.00%

 

LINE2     

8

629 bp

0.00%

 

 

LINE2     

3

240 bp

0.00%

 

L3/CR1    

34

1,737 bp

0.00%

 

 

L3/CR1    

4

188 bp

0.00%

LTRelements:   

26

1,886 bp

0.00%

 

LTRelements:   

6

799 bp

0.01%

 

ERVL      

3

173 bp

0.00%

 

 

ERVL      

0

0 bp

0.00%

 

ERVL-MaLRs

2

124 bp

0.00%

 

 

ERVL-MaLRs

0

0 bp

0.00%

 

ERV_classI 

14

873 bp

0.00%

 

 

ERV_classI 

4

275 bp

0.00%

 

ERV_classII

3

192 bp

0.00%

 

 

ERV_classII

0

0 bp

0.00%

DNAelements:   

73

5,013 bp

0.01%

 

DNAelements:   

18

1,132 bp

0.01%

 

hAT-Charlie 

15

756 bp

0.02%

 

 

hAT-Charlie 

5

224 bp

0.00%

 

TcMar-Tigger

20

1,526 bp

0.00%

 

 

TcMar-Tigger

1

42 bp

0.00%

Unclassified:   

4

183 bp

0.00%

 

Unclassified:   

0

0 bp

0.00%

Total interspersed  repeats:

 

19,501 bp

0.02%

 

Total interspersed repeats:

 

3,801 bp

0.03%

Small RNA:

52

2,836 bp

0.00%

 

Small RNA:

3

217 bp

0.00%

Satellites:

0

0 bp

0.00%

 

Satellites:

0

0 bp

0.00%

Simple repeats:

0

0 bp

0.00%

 

Simple repeats:

0

0 bp

0.00%

Low complexity:

0

0 bp

0.00%

 

Low complexity:

0

0 bp

0.00%




D. Mito-genome Map


그림입니다. 원본 그림의 이름: 슬라이드8.JPG 원본 그림의 크기: 가로 960pixel, 세로 720pixel

(4) Microsatellite 후보군

A. SSR statistics

Motif(-mer)

2

3

4

5

6

7

8

9

10

Total

대추귀고둥

8,588

3,121

1,405

124

3

-

-

-

-

13,241


B. 바코드서열

>대추귀고둥(Ellobium chinense)

TCAACAAATCATAAAGATATTGGGACGTTATATATAATTTTTGGGGTTTGGTGTGGCTTA

GTTGGAACTGGGCTGTCACTTCTTATTCGGTTTGAATTAGGAACCGCTGGCAACTTGCTA

GATGATCACTTTTATAATGTTATTGTGACTGCGCACGCTTTTGTGATAATTTTTTTTATG

GTAATACCCTTAATGATCGGGGGGTTCGGAAATTGAATAATTCCTTTGCTTATTGGTGCC

CCGGACATAAGCTTTCCGCGGATAAATAACATGAGTTTTTNNNNNNNNNCTCCATCCTTT

GTTTTATTAATTTTTTCCAGAATAGTTNNNNNNNNNGCTGGGACTGGGTGAACTGTCTAT

CCTCCCTTGAGGGGACCAATTGCTCATGCGGGGGCCTCGGTAGATCTTGTTATTTTCTCG

TTGCATCTTGCCGGAATGTCTTCTATTTTAGGGGCTATTAATTTTATTACTACTGTGTTT

AATATGCGATCGCCGGGAATGACAATGGAACGAGTCAACCTTTTTGTTTGGTCTGTTCTC

GTAACAGTTTTTTTACTTTTACTATCCCTTCCTGTTTTGGCAGGGGCCATTACGATGCTC

CTGACGGATCGAAATTTTAATACTAGTTTTTTTGATCCTGCTGGTGGTGGGGATCCTATT

TTATATCAGCACCTTTTCTGATTTTTTGGTCACCCGGAAGT


Carychium minimum : family 까지 같음

Naranjia sp. (Johor) :　superfamily부터 다름


그림입니다.