기수갈고둥 (Clithon retropictus)

그림입니다. 원본 그림의 이름: 20191125_225741.png 원본 그림의 크기: 가로 524pixel, 세로 396pixel

▣ 국    명: 기수갈고둥

▣ 학    명: Clithon retropictus

▣ 지정번호: 멸종위기야생동물 Ⅱ급

▣ 계    통: 복족강-원시복족목-갈고둥과

◎ 생김새 : 껍데기 높이 13.5mm, 지름 12.4mm로 전체적으로 작고 겉보기에 공처럼 생겼으며 염주알다슬기와 비슷하다. 껍데기는 두껍고 단단한 편이며 체층이 커서 거의 전부를 차지하고 있어 상대적으로 나탑이 작고 낮은 특징을 보인다. 껍데기의 주둥이는 반달 모양이며 안쪽 입술은 곧으며 가운데 나와 있는 몇 개의 이빨처럼 생긴 돌기중 한 개가 특히 발달하고 있다. 활층은 넓고 편평하다. 껍데기는 갈색의 각피로 덮여 있고 작은 삼각형 모양의 노란빛을 띤 검은색 반점이 있다. 뚜껑은 반원 모양이고 석회질로 이루어져 있으며 주둥이를 덮어 막을 수 있다. 뚜껑의 표면은 매끌매끌하지만 안쪽 가장자리는 얕게 패어있고, 내면에는 석회질의 돌기가 길게 나 있다.

◎ 서식지 : 물의 속도가 빠르고 모래와 자갈이 섞인 하천의 기수지역에 서식하면서 담수 또는 하천의 하구 가까이에도 서식한다.

◎ 번식 : 7~8월 무렵 타원형의 알주머니를 바위나 조개껍데기 위에 붙인다.

◎ 연구의 필요성 : 분포지가 좁고 개체수가 줄어들고 있다.

◎ 분포 : 한국의 남해안과 일본 등지에 분포한다. 최근 경북 울진군 왕피천 하류에서 집단 서식이 확인 되었다.


1) 채집정보

- 채집허가: 2014.07.10 / 5마리

- 채 집 자: 강원대학교 이준상


2) 채집현황 및 샘플처리

기수갈고둥 채집현황

샘플처리

채집일

개체 수

DNAseq

RNAseq

표본

2014.07.19

5 EA

4 EA (발)

4 EA (내장)

1 EA,

70% EtOH


3) QC Data

샘플종

DNA QC

RNA QC

Result

Concentration (ug/ul)

Total Conc. (ug)

Concentration (ug/ul)

RIN (>7)

기수갈고둥

98

7.8

285

9.5

pass


4) 기존 NCBI Taxonomy 유전정보 현황

유전정보 종류

Clithon 속 유전자원

Clithon retropictus 유전자원 

Nucleotide

191

79

Protein

143

52

Genome

1

1

Gene

74

74


5) Sequencing 분석 결과

- Illumina DNA Sequncing 결과

Input information

　

　

　

Region1

Region2

Total

raw data

Number Of Reads

 

 

120,273,976

120,273,976

240,547,952

Number Of Bases

 

 

15,154,520,976

15,154,520,976

30,309,041,952

error correction

Number Of Reads

 

 

117,834,355

116,458,835

234,293,190

Number Of Bases

 

 

14,156,727,932

13,863,352,950

28,020,080,882

pair reads

Number Of Reads

 

 

 

 

229,934,032

Number Of Bases

 

 

 

 

27,573,617,762

single reads

Number Of Reads

 

 

 

 

4,359,158

Number Of Bases

 

 

 

 

446,463,120

Assembly Results

Scaffold Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Scaffolds

1,216,526

1,216,526

368,204

182,280

67,257

Number Of Bases

695,767,098

695,767,098

518,139,249

387,154,839

227,044,748

Avg. Scaffold Size

571

571

1,407

2,123

3,375

N50 Scaffold Size

1,192

1,192

1,745

2,312

3,392

N80 Scaffold Size

386

386

878

1,407

2,436

N90 Scaffold Size

206

206

674

1,189

2,206

largest Scaffold Size

22,123

22,123

22,123

22,123

22,123

Contig Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Contigs

26,095,075

2,296,410

326,840

96,655

17,382

Number Of Bases

1,687,416,521

695,210,658

311,508,392

153,851,908

47,866,494

Avg. Contig Size

64

302

953

1,591

2,753

N50 Contig Size

64

431

990

1,575

2,653

N80 Contig Size

34

171

647

1,175

2,207

N90 Contig Size

32

126

568

1,081

2,098

Largest Contig Size

11,073

11,073

11,073

11,073

11,073

 

 - Illumina RNA Sequncing 결과

Input information

　

　

　

Region1

Region2

Total

raw data

Number Of Reads

 

 

123,371,899

123,371,899

246,743,798

Number Of Bases

 

 

15,544,859,274

15,544,859,274

31,089,718,548

error correction

Number Of Reads

 

 

121,345,743

120,351,070

241,696,813

Number Of Bases

 

 

15,021,994,342

14,868,772,951

29,890,767,293

pair reads

Number Of Reads

 

 

 

 

239,293,972

Number Of Bases

 

 

 

 

29,634,758,626

single reads

Number Of Reads

 

 

 

 

2,402,841

Number Of Bases

 

 

 

 

256,008,667

Assembly Results

Scaffold Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Scaffolds

254,806

254,806

43,653

17,687

5,936

Number Of Bases

95,927,319

95,927,319

53,942,723

36,060,688

19,910,337

Avg. Scaffold Size

376

376

1,235

2,038

3,354

N50 Scaffold Size

625

625

1,456

2,189

3,337

N80 Scaffold Size

209

209

753

1,347

2,427

N90 Scaffold Size

141

141

611

1,160

2,199

largest Scaffold Size

16,441

16,441

16,441

16,441

16,441

Contig Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Contigs

4,152,745

369,467

36,220

9,859

1,692

Number Of Bases

263,748,027

95,536,735

33,508,299

15,600,852

4,690,610

Avg. Contig Size

63

258

925

1,582

2,772

N50 Contig Size

63

321

947

1,559

2,667

N80 Contig Size

36

148

631

1,168

2,201

N90 Contig Size

33

119

560

1,078

2,091

Largest Contig Size

9,674

9,674

9,674

9,674

9,674

나) 멸종위기종 동물 Genome Survey

 

검수용 샘플 DNA 농도 및 총 양, 확증표본 현황표

　Sample명

농도(ng/ul)

Volume(ul)

DNA 총량(ug)

O.D A260/280

확증표본

채집허가일

채집일

기수갈고둥

309

996

307

1.95

○

2014.7.10

2014.7.19


(2) 유전체 서열확보 : 현재 20종 확보

Sample

구분

raw data size

trim data size

비고

기수갈고둥

DNA

30,309,041,952 

28,020,080,882 

　

RNA

31,089,718,548 

29,890,767,293 

　


(3) 기타분석

A. Genome Size estimation

샘 플 명

Kmer size

Kmer total

Pk depth

Genome_size

Coverage(X)

기수갈고둥

23

18,762,740,256

155

121,049,937 

198.718

B. 반복서열

 

- 시퀀싱이 완료된 기수갈고둥 DNA 및 RNA의 contigs 중 1kb 이상의 contigs의 반복서열을 탐색(Left; Repeat masking results of DNA contigs, Right; Repeat masking results of RNA contigs).

sequences:  96,655

 

sequences:  9,859

total length: 153,851,908 bp  (153,851,908 bp excl N/X-runs)

 

total length: 15,600,852 bp  (15600852 bp excl N/X-runs)

GClevel:44.06% 

 

GC level: 49.17 %

bases masked: 69,346 bp (  0.05 %)

 

bases masked: 5,524 bp ( 0.04  %)

 

numberof

elements

length

occupied

percentage

of sequence

 

 

numberof

elements

length

occupied

percentage

of sequence

SINEs:          

35

2,252 bp

0.00%

 

SINEs:          

3

137 bp

0.00%

 

ALUs      

0

0 bp

0.00%

 

 

ALUs      

0

0 bp

0.00%

 

MIRs      

5

271 bp

0.00%

 

 

MIRs      

1

47 bp

0.00%

LINEs:          

352

52,749 bp

0.03%

 

LINEs:          

26

3,736 bp

0.02%

 

LINE1     

40

2,177 bp

0.00%

 

 

LINE1     

5

283 bp

0.00%

 

LINE2     

49

3,406 bp

0.00%

 

 

LINE2     

7

782 bp

0.01%

 

L3/CR1    

39

2,334 bp

0.00%

 

 

L3/CR1    

4

270 bp

0.00%

LTRelements:   

62

4,124 bp

0.00%.

 

LTRelements:   

8

620 bp

0.00%

 

ERVL      

6

458 bp

0.00%

 

 

ERVL      

3

248 bp

0.00%

 

ERVL-MaLRs

2

135 bp

0.00%

 

 

ERVL-MaLRs

1

37 bp

0.00%

 

ERV_classI 

34

2,109 bp

0.00%

 

 

ERV_classI 

1

74 bp

0.00%

 

ERV_classII

9

445 bp

0.00%

 

 

ERV_classII

0

0 bp

0.00%

DNAelements:   

72

6,039 bp

0.00%

 

DNAelements:   

9

961 bp

0.01%

 

hAT-Charlie 

8

476 bp

0.00%

 

 

hAT-Charlie 

1

86 bp

0.00%

 

TcMar-Tigger

22

2,379 bp

0.00%

 

 

TcMar-Tigger

3

215 bp

0.00%

Unclassified:   

6

407 bp

0.00%

 

Unclassified:   

0

0 bp

0.00%

Total interspersed  repeats:

 

65,571 bp

0.04%

 

Total interspersed repeats:

 

5454 bp

0.03%

Small RNA:

70

3,842 bp

0.00%

 

Small RNA:

1

70 bp

0.00%

Satellites:

1

137 bp

0.00%

 

Satellites:

0

0 bp

0.00%

Simple repeats:

0

0 bp

0.00%

 

Simple repeats:

0

0 bp

0.00%

Low complexity:

0

0 bp

0.00%

 

Low complexity:

0

0 bp

0.00%




D. Mito-genome Map


그림입니다. 원본 그림의 이름: 슬라이드8.JPG 원본 그림의 크기: 가로 960pixel, 세로 720pixel

(4) Microsatellite 후보군

A. SSR statistics

Motif(-mer)

2

3

4

5

6

7

8

9

10

Total

기수갈고둥

48,716

8,728

5,666

564

11

-

-

-

-

63,685


B. 바코드서열


>기수갈고둥(Clithon retropictus)

GAGCTTGGACAGCCTGGTGCCTTGCTTGGGGATGATCAATTATATAATGTAATTGTGACT

GCTCATGCGTTTGTGATAATTTTCTTTTTGGTTATACCAATGATGATTGGTGGGTTTGGT

AACTGATTAGTGCCTTTAATGCTAGGGGCTCCTGACATGGCCTTCCCCCGTCTTAATAAC

ATGAGTTTTTGATTACTTCCACCATCATTAACTTTATTATTAGCCTCCTCTGCTGTTGAG

AGTGGAGTAGGGACTGGTTGAACTGTTTATCCTCCATTGTCTGGTAATTTAGCACATGCC

GGTGGGTCGGTTGATTTAGCTATTTTTTCTCTTCACTTAGCTGGTGTTTCTTCAATTTTG

GGTGCAGTAAATTTTATTACCACAATTATTAATATGCGATGGCAGGGAATGCAGTTTGAA

CGATTGCCATTATTTGTTTGATCTGTAAAGATTACTGCAATTTTGCTCTTATTATCACTA

CCTGTGTTGGCAGGAGCAATTACTATATTATTAACTGATCGAAATTTTAATACATCATTT

TTTGATCCAGCAGGTGGGGGTGACCCAATCTTATATCAACA


Clithon spinosus : family 까지 같음


그림입니다.(1) 고품질 genomic DNA 채취 및 표본확보