갯게 (Chasmagnathus convexus)

그림입니다. 원본 그림의 이름: 20191125_220930.png 원본 그림의 크기: 가로 994pixel, 세로 807pixel

▣ 국    명: 갯게

▣ 영    명: mud-flat crab

▣ 학    명: Chasmagnathus convexus

▣ 지정번호: 멸종위기야생동물Ⅱ급

 ▣ 계    통: 갑각강-십각목-참게과

◎ 생김새 : 갑각의 윤곽은 양 옆가장자리가 볼록한 사각형인데 그 길이는 나비의 10/13정도이다. 이마는 짧은 혀모양이어서 그 가장자리가 둥그스름하고 아래쪽으로 매우 기운 것이 특징이다. 등면에는 깊은 세로홈이 있고 이 홈은 가운데 위구역에까지 뻗는다. 눈구멍 뒷 가장자리는 뚜렷한 두둑을 이룬다. 갑각의 옆가장자리는 매우 볼록하고 눈 뒷니를 포함하여 4개의 넓은 이가 있는데 맨 뒤의 것은 구분이 뚜렷하지 않다.

◎ 서식지 : 하구 가까이의 민물이 흐르는 도랑 또는 갈대밭에 구멍을 파고 살며 상조선 근처에서 깊은 구멍을 파고 사는 것도 있다. 서식지가 도로 건설등에 의하여 파괴되어 멸조위기에 처한 종이다.

◎ 분포 : 한국?일본?지에 분포하며 한국에서는 인천 강화도와 남해도의 갈대밭에 서식한다. 최근 제주도 모슬포와 여수 연안에서도 서식이 확인되고 있다.


1) 채집정보

- 채집허가: 2014.07.10 / 5마리

- 채 집 자: 신라대학교 고현숙

2) 채집현황 및 샘플처리

갯게 채집현황

샘플처리

채집일

개체 수

DNAseq

RNAseq

표본

2014.08.27

2 EA

2 EA (몸통)

2 EA (내장)

-


3) QC Data

샘플종

DNA QC

RNA QC

Result

Concentration (ug/ul)

Total Conc. (ug)

Concentration (ug/ul)

RIN (>7)

갯게

45.7

3.6

606.6

6.7

pass


4) 기존 NCBI Taxonomy 유전정보 현황

유전정보 종류

Chasmagnathus 속 유전자원

Chasmagnathus convexus 유전자원

Nucleotide

18

18

Protein

3

3


5) Sequencing 분석 결과

 - Illumina DNA Sequncing 결과

Input information

　

　

　

Region1

Region2

Total

raw data

Number Of Reads

 

 

153,623,443

153,623,443

307,246,886

Number Of Bases

 

 

19,356,553,818

19,356,553,818

38,713,107,636

error correction

Number Of Reads

 

 

150,790,723

149,270,752

300,061,475

Number Of Bases

 

 

18,299,853,139

18,132,103,317

36,431,956,456

pair reads

Number Of Reads

 

 

 

 

295,475,870

Number Of Bases

 

 

 

 

35,919,383,637

single reads

Number Of Reads

 

 

 

 

4,585,605

Number Of Bases

 

 

 

 

512,572,819

Assembly Results

Scaffold Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Scaffolds

1,861,541

1,861,541

459,931

225,587

80,411

Number Of Bases

917,173,752

917,173,752

642,936,252

477,829,625

275,878,606

Avg. Scaffold Size

492

492

1,397

2,118

3,430

N50 Scaffold Size

1,071

1,071

1,711

2,279

3,412

N80 Scaffold Size

301

301

870

1,396

2,435

N90 Scaffold Size

160

160

671

1,185

2,203

largest Scaffold Size

34,968

34,968

34,968

34,968

34,968

Contig Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Contigs

20,933,404

3,549,408

410,643

118,957

21,539

Number Of Bases

1,988,515,949

978,693,506

391,546,899

192,032,899

62,192,297

Avg. Contig Size

94

275

953

1,614

2,887

N50 Contig Size

96

365

985

1,580

2,768

N80 Contig Size

50

153

645

1,176

2,231

N90 Contig Size

46

124

567

1,082

2,110

Largest Contig Size

15,357

15,357

15,357

15,357

15,357

 - Illumina RNA Sequncing 결과

Input information

　

　

　

Region1

Region2

Total

raw data

Number Of Reads

 

 

162,451,399

162,451,399

324,902,798

Number Of Bases

 

 

20,468,876,274

20,468,876,274

40,937,752,548

error correction

Number Of Reads

 

 

160,563,707

159,222,631

319,786,338

Number Of Bases

 

 

19,866,633,265

19,690,735,691

39,557,368,956

pair reads

Number Of Reads

 

 

 

 

317,265,048

Number Of Bases

 

 

 

 

39,282,129,074

single reads

Number Of Reads

 

 

 

 

2,521,290

Number Of Bases

 

 

 

 

275,239,882

Assembly Results

Scaffold Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Scaffolds

193,895

193,895

33,702

13,647

4,339

Number Of Bases

73,081,363

73,081,363

40,849,327

26,962,339

14,173,580

Avg. Scaffold Size

376

376

1,212

1,975

3,266

N50 Scaffold Size

619

619

1,406

2,087

3,252

N80 Scaffold Size

209

209

753

1,324

2,392

N90 Scaffold Size

145

145

612

1,148

2,185

largest Scaffold Size

21,944

21,944

21,944

21,944

21,944

Contig Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Contigs

4,023,890

255,107

30,210

9,990

2,178

Number Of Bases

236,793,481

73,420,982

30,690,612

16,822,864

6,239,197

Avg. Contig Size

58

287

1,015

1,683

2,864

N50 Contig Size

62

382

1,085

1,696

2,775

N80 Contig Size

34

161

668

1,209

2,246

N90 Contig Size

32

125

577

1,097

2,109

Largest Contig Size

11,371

11,371

11,371

11,371

11,371

나) 멸종위기종 동물 Genome Survey

 

검수용  샘플 DNA 농도 및 총 양, 확증표본 현황표

　Sample명

농도(ng/ul)

Volume(ul)

DNA 총량(ug)

O.D A260/280

확증표본

채집허가일

채집일

갯게 (수컷)

110

996

109

1.56

X

2014.7.10

2014.8.27


(2) 유전체 서열확보 : 현재 20종 확보

Sample

구분

raw data size

trim data size

비고

갯게

DNA

38,713,107,636 

36,431,956,456 

　

RNA

40,937,752,548 

39,557,368,956 

　


(3) 기타분석

A. Genome Size estimation

샘 플 명

Kmer size

Kmer total

Pk depth

Genome_size

Coverage(X)

갯게

23

23,965,257,108

9

2,662,806,345 

11.5385



B. 반복서열


- 시퀸싱이 완료된 갯게 DNA 및 RNA의 contigs 중 1kb 이상의 contigs의 반복서열을 탐색(Left; Repeat masking results of DNA contigs, Right; Repeat masking results of RNA contigs).

sequences: 118,957

 

sequences: 9,990

total length: 192,032,899 bp (192,032,899 bp excl N/X-runs)

 

total length: 16,822,864bp (16,822,864bp excl N/X-runs)

GC level: 42.55%

 

GC level: 47.17%

bases masked: 564,853 bp (0.29%)

 

bases masked: 21,554 bp (0.13%)

 

number of

elements

length

occupied

percentage

of sequence

 

 

number of

elements

length

occupied

percentage

of sequence

SINEs:          

79

4,590 bp

0.00%

 

SINEs:          

3

178 bp

0.00%

 

ALUs      

0

0 bp

0.00%

 

 

ALUs      

0

0 bp

0.00%

 

MIRs      

65

3,731 bp

0.00%

 

 

MIRs      

2

124 bp

0.00%

LINEs:          

2,195

358,387 bp

0.19%

 

LINEs:          

43

4,931 bp

0.03%

 

LINE1     

54

3,300 bp

0.00%

 

 

LINE1     

2

135 bp

0.00%

 

LINE2     

26

1,508 bp

0.00%

 

 

LINE2     

2

193 bp

0.00%

 

L3/CR1    

1,949

330,647 bp

0.17%

 

 

L3/CR1    

35

4,387 bp

0.03%

LTR elements:   

303

22,297 bp

0.01%

 

LTR elements:   

8

936 bp

0.01%

 

ERVL      

19

1,246 bp

0.00%

 

 

ERVL      

3

150 bp

0.00%

 

ERVL-MaLRs

5

305 bp

0.00%

 

 

ERVL-MaLRs

1

61 bp

0.00%

 

ERV_classI 

229

16,722 bp

0.01%

 

 

ERV_classI 

1

87 bp

0.00%

 

ERV_classII

33

2,034 bp

0.00%

 

 

ERV_classII

1

71 bp

0.00%

DNA elements:   

1,273

151,813 bp

0.08%

 

DNA elements:   

58

14,499 bp

0.09%

 

hAT-Charlie 

305

41,456 bp

0.02%

 

 

hAT-Charlie 

8

3,595 bp

0.02%

 

TcMar-Tigger

743

88,342 bp

0.05%

 

 

TcMar-Tigger

43

9,434 bp

0.06%

Unclassified:   

3

164 bp

0.00%

 

Unclassified:   

0

0 bp

0.00%

Total interspersed repeats:

 

537,251 bp

0.28%

 

Total interspersed repeats:

 

20,544 bp

0.12%

Small RNA:

414

27,650 bp

0.01%

 

Small RNA:

16

1,010 bp

0.01%

Satellites:

1

46 bp

0.00%

 

Satellites:

0

0 bp

0.00%

Simple repeats:

0

0 bp

0.00%

 

Simple repeats:

0

0 bp

0.00%

Low complexity:

0

0 bp

0.00%

 

Low complexity:

0

0 bp

0.00%



D. Mito-genome Map


그림입니다. 원본 그림의 이름: 슬라이드4.JPG 원본 그림의 크기: 가로 960pixel, 세로 720pixel

(4) Microsatellite 후보군

A. SSR statistics

Motif(-mer)

2

3

4

5

6

7

8

9

10

Total

겟게

89,764

45,550

7,655

846

60

1

-

2

1

143,879


B. 바코드서열

>갯게(Chasmagnathus convexus)

TCGAAAATGGATGTATTTAAATTACGGTCTGTAAGTAGTATAGTAATAGCTCCAGCTAGA

ACTGGCAAGGATAAAAGAAGTAGGATGGCAGTAATAAATACAGCTCAAACAAAAAGGGGT

ATTTGGTCTATCATTATCCCATATGATCGTATATTGATAACGGTTGTTATGAAATTTACA

GCTCCTAGAATTGAGGATACTCCTGCAAGATGAGGAGAAAAAATTCCAAGATCTACGGAG

GCCCCAGCATGGGTGATAGCAGCTGCAAGGGGTGGATAAACAGTTCATCCTGTGCCCACT

CCTCTTTCTACTATTCTTCTTGTTAGGAGAGAAAGAGATGGAGGAAGAAGTCAAAATCTT

ATATTATTTATACGAGGAAAGGCTTTATCTGGTGCTCCTAGTATAAGGGGAACTAGTCAG

TTACCGAATCCTCCAGTTATAATGGGTATAACTATAAAGAAAATTATGACAAAAGCGTGG

GCTGTCACAACCACATTGTAAATTTGGTCATTACCGATTAATCTTCCTGGTTGACTTAGT

TCTGCTCGAATAATTAATCTTACGGATGTACCTACTATTCCGGCTCCAGCGCCGAAAATA

AAATATAAGGTTCCAATGTCTT


갈게(Helice tientsinensis) : family 까지 같음

Helice latimera : family 까지 같음


그림입니다.