나팔고둥 (Charonia sauliae)

그림입니다. 원본 그림의 이름: 나팔고둥.png 원본 그림의 크기: 가로 645pixel, 세로 544pixel

▣ 국    명: 나팔고둥

▣ 영    명: Triton shell

▣ 학    명: Charonia sauliae

▣ 지정번호: 멸종위기동물 Ⅰ급

▣ 계    통: 복족강-흡강목-수염고둥과

◎ 생김새 : 한국에 사는 복족류중 가장 큰 종으로 다 자라면 길이가 30여 cm에 달할 정도로 커져 구멍을 뚫어 나팔로 사용하였기 때문에 나팔고둥이라 불린다. 원뿔형이며 나탑은 7층올 높은 편이다. 체층 주변에는 혹 모양의 돌기가 두 줄 있는 것이 특징이다. 나탑을 이루는 층중에서 위쪽의 층은 주황색이고, 아래쪽 층의 주름에 자갈색의 구름 모양 또는 황백색 무늬가 굵게 나 있다. 껍데기 속으로 들어가는 주둥이의 안쪽 면은 흰색이고, 주둥이에서 바깥녹으로 나와 있는 입술은 두꺼우면서 약간 벌어져 있다. 뚜껑은 두꺼운 각질이며 백색 바탕에 적갈색의 아름다운 반문으로 되어 있으나 입구 부분과 체층의 일부를 제외하고는 보기 힘들다.

◎ 서식지 : 조간대부터 수심 약 200m가 되는 바다의 바위나 자갈로 된 바닥에서 서식한다.

◎ 먹이 : 육식성으로 불가사리, 해삼 등의 극피동물을 먹고 산다. 한국에 존재하는 불가사리의 유일한 천적으로 나팔고둥 한 마리가 하루에 불가사리 한 마리 이상을 섭취한다. 이때 이빨에 해당하는 치설을 사용하며 불가사리 한 마리를 잡아먹는데 채 3시간이 걸리지 않는다.

◎ 번식 : 12월에서 다음해 4월에 걸쳐 산란한다.

◎ 분포 : 일본, 필리핀, 한국의 남해안에 서식한다. 예전에는 제주도, 여수 등 해안 지역에서 흔히 볼 수 있었으나 남획 및 바다로 흘러들어 간 생활하수에 오염되어 개체수가 줄었다. 현재 한국에서는 제주도 근해에서만 서식한다.


1) 채집정보

- 채집허가: 2014.07.10 / 2마리

- 채 집 자: 강원대학교 이준상

2) 채집현황 및 샘플처리

나팔고둥 채집현황

샘플처리

채집일

개체 수

DNAseq

RNAseq

표본

2014.08.28

1 EA

1 EA (발)

1 EA (내장)

-


3) QC Data

샘플종

DNA QC

RNA QC

Result

Concentration (ug/ul)

Total Conc. (ug)

Concentration (ug/ul)

RIN (>7)

나팔고둥

49.3

20

613

6.5

pass


4) 기존 NCBI Taxonomy 유전정보 현황

유전정보 종류

Charonia 속 유전자원

Charonia sauliae 유전자원 

Nucleotide

77

7

Protein

103

40

Genome

1

1

Gene

37

37


5) Sequencing 분석 결과

- Illumina DNA Sequncing 결과

Input information

　

Region1

Region2

Region3

Region4

Total

raw data

Number Of Reads

93,853,943 

93,853,943 

29,317,242 

29,317,242 

246,342,370 

Number Of Bases

11,825,596,818 

11,825,596,818 

3,693,972,492 

3,693,972,492 

31,039,138,620 

error correction

Number Of Reads

78,184,324 

74,212,243 

16,787,721 

16,115,815 

185,300,103 

Number Of Bases

7,985,725,569 

7,392,881,494 

1,600,734,724 

1,503,673,595 

18,483,015,382 

pair reads

Number Of Reads

 

130,053,922 

 

24,029,658 

154,083,580 

Number Of Bases

 

13,343,583,209 

 

2,351,240,874 

15,694,824,083 

single reads

Number Of Reads

 

22,342,645 

 

 8,873,878

31,216,523 

Number Of Bases

 

2,035,023,854 

 

753,167,445 

2,788,191,299 

Assembly Results

Scaffold Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Scaffolds

1,680,067 

1,680,067 

59,333 

4,974 

282 

Number Of Bases

334,439,867 

334,439,867 

41,286,796 

6,569,766 

727,659 

Avg. Scaffold Size

199 

199 

695 

1,320 

2,580 

N50 Scaffold Size

205 

205 

665 

1,256 

2,401 

N80 Scaffold Size

137 

137 

550 

1,076 

2,123 

N90 Scaffold Size

114 

114 

523 

1,037 

2,054 

largest Scaffold Size

12,993 

12,993 

12,993 

12,993 

12,993 

Contig Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Contigs

26,321,282 

2,141,545 

11,516 

969 

80 

Number Of Bases

1,694,442,839 

352,732,303 

8,011,855 

1,342,501 

238,117 

Avg. Contig Size

64 

164 

695 

1,385 

2,976 

N50 Contig Size

57 

163 

656 

1,286 

2,732 

N80 Contig Size

47 

130 

546 

1,076 

2,237 

N90 Contig Size

46 

111 

522 

1,037 

2,077 

Largest Contig Size

12,993 

12,993 

12,993 

12,993 

12,993 

 

- Illumina RNA Sequncing 결과

Input information

　

　

　

Region1

Region2

Total

raw data

Number Of Reads

 

 

128,846,778 

128,846,778

257,693,556

Number Of Bases

 

 

16,234,694,028

16,234,694,028

32,469,388,056

error correction

Number Of Reads

 

 

126,149,321 

125,019,833

251,169,154

Number Of Bases

 

 

15,419,410,042 

15,261,273,439 

30,680,683,481

pair reads

Number Of Reads

 

 

 

 

247,803,298

Number Of Bases

 

 

 

 

30,343,009,485

single reads

Number Of Reads

 

 

 

 

3,365,856 

Number Of Bases

 

 

 

 

337,673,996

Assembly Results

Scaffold Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Scaffolds

334,367

334,367

60,326

23,539

7,047

Number Of Bases

126,662,755

126,662,755

70,883,894

45,462,610

22,845,904

Avg. Scaffold Size

378

378

1,175

1,931

3,241

N50 Scaffold Size

614

614

1,335

2,009

3,204

N80 Scaffold Size

207

207

731

1,299

2,372

N90 Scaffold Size

148

148

606

1,140

2,177

largest Scaffold Size

21,910

21,910

21,910

21,910

21,910

Contig Metrics

> 1 bp*

> 100 bp

> 500 bp**

> 1000 bp

> 2000 bp

Number Of Contigs

4,925,670

482,144

49,698

14,439

2,889

Number Of Bases

395,122,578

132,116,369

47,889,673

23,980,019

8,468,080

Avg. Contig Size

80

274

963

1,660

2,931

N50 Contig Size

79

330

1,001

1,641

2,806

N80 Contig Size

49

160

641

1,197

2,247

N90 Contig Size

46

132

563

1,092

2,117

Largest Contig Size

21,825

21,825

21,825

21,825

21,825

나) 멸종위기종 동물 Genome Survey

 

검수용  샘플 DNA 농도 및 총 양, 확증표본 현황표

　Sample명

농도(ng/ul)

Volume(ul)

DNA 총량(ug)

O.D A260/280

확증표본

채집허가일

채집일

나팔고둥

271

996

269

1.81

X

2014.7.10

2014.8.28


(2) 유전체 서열확보 : 현재 20종 확보

Sample

구분

raw data size

trim data size

비고

나팔고둥

DNA

31,039,138,620

18,483,015,382

　

RNA

32,469,388,056 

30,680,683,481 

　


(3) 기타분석

A. Genome Size estimation

샘 플 명

Kmer size

Kmer total

Pk depth

Genome_size

Coverage(X)

나팔고둥

23

14,641,215,108

164

89,275,701 

210.256

B. 반복서열


- 시퀀싱이 완료된 나팔고둥 DNA 및 RNA의 contigs 중 1kb 이상의 contigs의 반복서열을 탐색(Left; Repeat masking results of DNA contigs, Right; Repeat masking results of RNA contigs).

sequences: 1,061

 

sequences: 14,439

total length: 1,457,206 bp (1,457,206 bp excl N/X-runs)

 

total length: 23,980,019 bp (23,980,019 bp excl N/X-runs)

GC level: 39.09%

 

GC level: 45.32%

bases masked: 13,177 bp (0.90%)

 

bases masked: 34,041 bp (0.14%)

 

number of

elements

length

occupied

percentage

of sequence

 

 

number of

elements

length

occupied

percentage

of sequence

SINEs:          

13

667 bp

0.05%

 

SINEs:          

113

6,823 bp

0.03%

 

ALUs      

0

0 bp

0.00%

 

 

ALUs      

0

0 bp

0.00%

 

MIRs      

4

241 bp

0.02%

 

 

MIRs      

25

1,574 bp

0.01%

LINEs:          

35

10,661 bp

0.73%

 

LINEs:          

87

14,947 bp

0.06%

 

LINE1     

1

54 bp

0.00%

 

 

LINE1     

16

1,203 bp

0.01%

 

LINE2     

4

717 bp

0.05%

 

 

LINE2     

13

1,055 bp

0.00%

 

L3/CR1    

5

409 bp

0.03%

 

 

L3/CR1    

19

1,424 bp

0.01%

LTR elements:   

4

943 bp

0.06%

 

LTR elements:   

17

2,102 bp

0.01%

 

ERVL      

0

0 bp

0.00%

 

 

ERVL      

1

33 bp

0.00%

 

ERVL-MaLRs

0

0 bp

0.00%

 

 

ERVL-MaLRs

0

0 bp

0.00%

 

ERV_classI 

1

96 bp

0.01%

 

 

ERV_classI 

8

602 bp

0.00%

 

ERV_classII

0

0 bp

0.00%

 

 

ERV_classII

0

0 bp

0.00%

DNA elements:   

7

394 bp

0.03%

 

DNA elements:   

28

1,524 bp

0.01%

 

hAT-Charlie 

0

0 bp

0.00%

 

 

hAT-Charlie 

1

56 bp

0.00%

 

TcMar-Tigger

1

60 bp

0.00%

 

 

TcMar-Tigger

0

0 bp

0.00%

Unclassified:   

0

0 bp

0.00%

 

Unclassified:   

1

35 bp

0.00%

Total interspersed repeats:

 

12,665 bp

0.87%

 

Total interspersed repeats:

 

25,431 bp

0.11%

Small RNA:

9

513 bp

0.04%

 

Small RNA:

101

8,708 bp

0.04%

Satellites:

0

0 bp

0.00%

 

Satellites:

1

86 bp

0.00%

Simple repeats:

0

0 bp

0.00%

 

Simple repeats:

0

0 bp

0.00%

Low complexity:

0

0 bp

0.00%

 

Low complexity:

0

0 bp

0.00%

 


D. Mito-genome Map


그림입니다. 원본 그림의 이름: 슬라이드7.JPG 원본 그림의 크기: 가로 960pixel, 세로 720pixel

(4) Microsatellite 후보군

A. SSR statistics

Motif(-mer)

2

3

4

5

6

7

8

9

10

Total

나팔고둥

379

137

73

12

2

-

-

-

-

603


B. 바코드서열

>나팔고둥(Charonia sauliae)

ACTTTATATATTTTATTTGGAATATGAGCGGGGCTAGTAGGAACTGCTCTAAGACTATTA

ATTCGAGCTGAATTAGGTCAACCTGGAGCTTTATTAGGTGACGATCAATTATATAATGTA

ATTGTAACTGCTCATGCTTTTGTAATAATTTTTTTCTTAGTGATACCAATGATAATTGGA

GGATTTGGAAATTGATTAGTACCACTTATATTAGGTGCTCCAGATATAGCATTTCCTCGA

TTAAATAACATAAGATTCTGATTACTGCCACCAGCATTACTTTTATTACTTTCTNCAGCC

GCTGTGGAAAGANNNGTTGGTACCGGATGAACAGTATATCCTCCATTGGCAGGAAACTTA

GCCCATGCTGGAGGTTCGGTTGATTTGGCTATTTTTTCGTTACATCTTGCTGGTGCATCA

TCTATTCTTGGTGCAGTTAATTTTATTACAACCATTATCAATATACGATGGCGAGGAATA

CAATTTGAACGTCTTCCTTTATTTGTATGATCAGTTAAAATTACAGCTGTACTCTTATTA

CTTTCTCTACCAGTTTTAGCTGGTGCTATTACTATATTATTAACGGATCGAAATTTTAAT

ACTGCCTTTTTTGATCCAGCAGGAGGTGGAGACCCTATTTTATATCAACATCT


검은점입술계란고둥 (Casmaria ponderosa) : family 부터 다름

Tritonoharpa antiquata : infraorder 부터 다름


그림입니다.